<div><br></div>Dear Devyesh Rana<div><br></div><div>You can run a series of MD with restraints, i.e., following an Umbrella Sampling procedure.</div><div>You can run a series of MD with constraints, sampling the corresponding Lagrangian multiplier, i.e., following a Thermodynamic Integration procedure. </div><div>You can run MD with constraints, specifying  a target, a target_growth, and a target_limit to steer the change along the MD.</div><div><br></div><div>Kind regards</div><div>Marcella</div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Friday, October 30, 2020 at 9:06:04 PM UTC+1 Dev Rana wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Is there an easy way of preconfiguring a system for steered molecular dynamics?<div><br></div><div>Specifically, I'd like to understand a reaction in a solvent via AIMD. However, instead of waiting for spontaneous reactions to occur, I'd like to forcibly make particles interact. Using the potential of mean force to obtain transition states etc. Is there an easy way to constrain atoms and automatically have them incrementally move towards each other?</div><div><br></div><div>I think the nudged elastic band method might help, but this may not be the best avenue. </div><div><br></div><div>Any suggestions?</div><div><br></div><div>Best Regards,</div><div>Devyesh Rana</div></blockquote></div>