<div>Hi Kavita,</div><div><br></div>I know this is an old post but I'd like to know how to restrain water to the qm region in a qmmm simulation as well.<div><br></div><div>Were you able to find any information?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Dan<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Sunday, November 25, 2018 at 12:41:18 PM UTC-6 Kavita wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>Hello all,</div><div><br></div><div>            I'm studying <b>nucleophilic substitution reaction</b> of a species in <b>water</b> and before I proceed with my production simulations, I would like to ask certain questions that I have regarding QMMM implementation in CP2K. I was just wondering weather such a recation can be simulated in CP2K using simple <b>Metadynamics</b> along with <b>QMMM</b>, because my reaction involver a <b>proton relay</b> among the H2O molecules and if my system is QMMM then a <b>MM water</b> might come in the way of <b>QM water</b> and the proton transfer will not take place. So, Is that a possibility or it won't be an issue? and if it's going to be problem then what can I do to avoid it?<br></div><div><br></div><div>In a tutorial by Marcella Iannuzzi on "<b>QM/MM study of UREA Zwitterion in water</b>", she suggested using <b>FLEXIBLE PARTITIONING</b> to take solvation shell of water molecules around urea to prevent diffusion of QM water molecules. So do I need that for modelling my reaction?</div><div><br></div><div>My reaction is simply a <b>Hydrolysis Reaction</b> in which <b>water</b> attacks the terminal atom and caues the terminal bond to break and some proton transfers takes place on the way. I will treat the species and a layer of water around it as QM and rest of the water molecules as MM.</div><div><br></div><div>Thanks in advance and Looking forward for a reply.</div><div><br></div><div>Best,<br></div><div>Kavita<br></div><div><br></div><div><br></div><div> <br></div><div><br></div></div></blockquote></div>