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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Hi Rainer<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">a reason for such segmentation faults is often a too small stack size. Check your stack size limit with (e,g. for bash with “ulimit –s”). It should be a large
value or “unlimited”. I am using the latter setting.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">HTH<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Matthias</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> 'Rainer Rutka' via cp2k <...@googlegroups.com>
<br>
<b>Sent:</b> Dienstag, 15. September 2020 08:50<br>
<b>To:</b> cp2k <...@googlegroups.com><br>
<b>Subject:</b> [CP2K:13877] cp2k invalid memory reference in SCF wavefunction optimization<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<pre>Hi.<o:p></o:p></pre>
<pre>My name is Rainer. I am a cluster admin at the<o:p></o:p></pre>
<pre>University of Konstanz/Germany.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Last week i got the order to build cp2k for our<o:p></o:p></pre>
<pre>Chemical Cluster Justus. Compillation was fine,<o:p></o:p></pre>
<pre>I got no errors in the build process.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Unfortunately the tests are not running. I get<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>These are the modules i load:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre># Load required modules for build process<o:p></o:p></pre>
<pre>module load compiler/intel/19.1<o:p></o:p></pre>
<pre>module load compiler/gnu/system<o:p></o:p></pre>
<pre>module load mpi/openmpi<o:p></o:p></pre>
<pre>module load numlib/mkl<o:p></o:p></pre>
<pre>module load devel/cmake<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Toolchain options i used:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre># ./install_cp2k_toolchain.sh \<o:p></o:p></pre>
<pre> --math-mode=openblas \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-sirius=no \<o:p></o:p></pre>
<pre> --mpi-mode=openmpi \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-cmake=system \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-mpich=no \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-libxc=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --libint-lmax=6 \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-fftw=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-openblas=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-scalapack=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-reflapack=no \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-mkl=no \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-libxsmm=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-elpa=no \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-superlu=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-quip=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-plumed=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-gsl=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-libvdwxc=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-spglib=install \<o:p></o:p></pre>
<pre> --with-hdf5=install<o:p></o:p></pre>
<pre>#<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>cp2k.out with error (excerpt):<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Total Electron Density at R=0:<o:p></o:p></pre>
<pre>0.000068<o:p></o:p></pre>
<pre> Re-scaling the density matrix to get the right number of electrons<o:p></o:p></pre>
<pre> # Electrons Trace(P)<o:p></o:p></pre>
<pre>Scaling factor<o:p></o:p></pre>
<pre> 32 31.944<o:p></o:p></pre>
<pre> 1.002<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> Step Update method Time Convergence Total energy<o:p></o:p></pre>
<pre> Change<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory<o:p></o:p></pre>
<pre>reference.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Backtrace for this error:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory<o:p></o:p></pre>
<pre>reference.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>[...]<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Slurm parameter in submit-script:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>#SBATCH --nodes=8<o:p></o:p></pre>
<pre>#SBATCH --tasks-per-node=32<o:p></o:p></pre>
<pre>#SBATCH --mem-per-cpu=2000M<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>echo "### Set some cp2k envs ..."<o:p></o:p></pre>
<pre>export HWLOC_HIDE_ERRORS=1 #<o:p></o:p></pre>
<pre><a href="https://www.open-mpi.org/projects/hwloc/doc/v2.0.2/a00326.php">https://www.open-mpi.org/projects/hwloc/doc/v2.0.2/a00326.php</a><o:p></o:p></pre>
<pre>export COSMA_CPU_MAX_MEMORY=64000<o:p></o:p></pre>
<pre># HWLOC_COMPONENTS=x86<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>echo "### Running application ..."<o:p></o:p></pre>
<pre>srun cp2k.psmp -i ${TMP_WORK_DIR}/${INPUT} > cp2k7_1.out 2>&1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>[...]<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Attachments:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>cp2k7_1.out : CP2K Output with error<o:p></o:p></pre>
<pre>bwforcluster-cp2k-example.sbatch : Slurm submit script<o:p></o:p></pre>
<pre>argon-vdW-DF-optPBE.inp<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>I would appreciate help very much!<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Thanx in advance.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Rainer<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<div>
<pre>-- <o:p></o:p></pre>
<pre>Rainer Rutka<o:p></o:p></pre>
<pre>Universität Konstanz<o:p></o:p></pre>
<pre>Kommunikations-, Informations-, Medienzentrum (KIM)<o:p></o:p></pre>
<pre> * Abteilung IT-Dienste Forschung und Lehre<o:p></o:p></pre>
<pre> * Wissenschaftliches Rechnen/bwHPC-S5<o:p></o:p></pre>
<pre> * KIM Ausbildung<o:p></o:p></pre>
<pre>78457 Konstanz<o:p></o:p></pre>
<pre>+49 7531 88 54 13, Raum: B 803<o:p></o:p></pre>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal">-- <br>
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