<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"> <meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)"> <style></style> </head> <body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"> <div class="WordSection1"> <p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Hi Rainer<o:p></o:p></span></p> <p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p> <p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Can you run the test input interactively?<o:p></o:p></span></p> <p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p> <p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Matthias</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p> <p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p> <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> cp...@googlegroups.com <...@googlegroups.com> <b>On Behalf Of </b>Rainer Rutka<br> <b>Sent:</b> Dienstag, 15. September 2020 09:56<br> <b>To:</b> cp2k <...@googlegroups.com><br> <b>Subject:</b> Re: [CP2K:13883] Re: cp2k invalid memory reference in SCF wavefunction optimization<o:p></o:p></span></p> <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p> <div> <p class="MsoNormal">Hi Matthias.<o:p></o:p></p> </div> <div> <p class="MsoNormal">I changed the value from 200000 to unlimited.<o:p></o:p></p> </div> <div> <p class="MsoNormal">Unfortunately no change. I still get the same error.<o:p></o:p></p> </div> <div> <p class="MsoNormal">:-(<o:p></o:p></p> </div> <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p> <div> <div> <p class="MsoNormal">Matthias Krack schrieb am Dienstag, 15. September 2020 um 09:27:35 UTC+2:<o:p></o:p></p> </div> <blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm"> <div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Hi Rainer</span><o:p></o:p></p> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Your stack size is 200000 which is most likely not large enough. Try unlimited or millions.</span><o:p></o:p></p> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">HTH</span><o:p></o:p></p> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Matthias</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <span class="MsoHyperlink">c...@googlegroups.com</span> <<span class="MsoHyperlink">c...@googlegroups.com</span>> <b>On Behalf Of </b>Rainer Rutka</span><o:p></o:p></p> </div> </div> <div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><br> <b>Sent:</b> Dienstag, 15. September 2020 09:20<br> <b>To:</b> cp2k <<span class="MsoHyperlink">c...@googlegroups.com</span>></span><o:p></o:p></p> </div> </div> <div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Subject:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> [CP2K:13879] Re: cp2k invalid memory reference in SCF wavefunction optimization</span><o:p></o:p></p> </div> </div> <div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p> <div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hi Matthias.<o:p></o:p></p> </div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Thank you for your fast answer.<o:p></o:p></p> </div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">See the attached file with my ulimit-setups (and more). It's unlimited (IMO).<o:p></o:p></p> </div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p> </div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p> </div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><br> Am Dienstag, 15. September 2020 08:49:38 UTC+2 schrieb Rainer Rutka:<o:p></o:p></p> <blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0cm;margin-bottom:5.0pt"> <div> <pre>Hi.<o:p></o:p></pre> <pre>My name is Rainer. I am a cluster admin at the<o:p></o:p></pre> <pre>University of Konstanz/Germany.<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Last week i got the order to build cp2k for our<o:p></o:p></pre> <pre>Chemical Cluster Justus. Compillation was fine,<o:p></o:p></pre> <pre>I got no errors in the build process.<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Unfortunately the tests are not running. I get<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>These are the modules i load:<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre># Load required modules for build process<o:p></o:p></pre> <pre>module load compiler/intel/19.1<o:p></o:p></pre> <pre>module load compiler/gnu/system<o:p></o:p></pre> <pre>module load mpi/openmpi<o:p></o:p></pre> <pre>module load numlib/mkl<o:p></o:p></pre> <pre>module load devel/cmake<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Toolchain options i used:<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre># ./install_cp2k_toolchain.sh \<o:p></o:p></pre> <pre> --math-mode=openblas \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-sirius=no \<o:p></o:p></pre> <pre> --mpi-mode=openmpi \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-cmake=system \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-mpich=no \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-libxc=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --libint-lmax=6 \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-fftw=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-openblas=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-scalapack=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-reflapack=no \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-mkl=no \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-libxsmm=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-elpa=no \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-superlu=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-quip=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-plumed=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-gsl=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-libvdwxc=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-spglib=install \<o:p></o:p></pre> <pre> --with-hdf5=install<o:p></o:p></pre> <pre>#<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>cp2k.out with error (excerpt):<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Total Electron Density at R=0:<o:p></o:p></pre> <pre>0.000068<o:p></o:p></pre> <pre> Re-scaling the density matrix to get the right number of electrons<o:p></o:p></pre> <pre> # Electrons Trace(P)<o:p></o:p></pre> <pre>Scaling factor<o:p></o:p></pre> <pre> 32 31.944<o:p></o:p></pre> <pre> 1.002<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre> SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre> Step Update method Time Convergence Total energy<o:p></o:p></pre> <pre> Change<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory<o:p></o:p></pre> <pre>reference.<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Backtrace for this error:<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory<o:p></o:p></pre> <pre>reference.<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>[...]<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Slurm parameter in submit-script:<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>#SBATCH --nodes=8<o:p></o:p></pre> <pre>#SBATCH --tasks-per-node=32<o:p></o:p></pre> <pre>#SBATCH --mem-per-cpu=2000M<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>echo "### Set some cp2k envs ..."<o:p></o:p></pre> <pre>export HWLOC_HIDE_ERRORS=1 #<o:p></o:p></pre> <pre><a href="https://www.open-mpi.org/projects/hwloc/doc/v2.0.2/a00326.php" target="_blank">https://www.open-mpi.org/projects/hwloc/doc/v2.0.2/a00326.php</a><o:p></o:p></pre> <pre>export COSMA_CPU_MAX_MEMORY=64000<o:p></o:p></pre> <pre># HWLOC_COMPONENTS=x86<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>echo "### Running application ..."<o:p></o:p></pre> <pre>srun cp2k.psmp -i ${TMP_WORK_DIR}/${INPUT} > cp2k7_1.out 2>&1<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>[...]<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Attachments:<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>cp2k7_1.out : CP2K Output with error<o:p></o:p></pre> <pre>bwforcluster-cp2k-example.sbatch : Slurm submit script<o:p></o:p></pre> <pre>argon-vdW-DF-optPBE.inp<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>I would appreciate help very much!<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Thanx in advance.<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <pre>Rainer<o:p></o:p></pre> <pre> <o:p></o:p></pre> <div> <pre>-- <o:p></o:p></pre> <pre>Rainer Rutka<o:p></o:p></pre> <pre>Universität Konstanz<o:p></o:p></pre> <pre>Kommunikations-, Informations-, Medienzentrum (KIM)<o:p></o:p></pre> <pre> * Abteilung IT-Dienste Forschung und Lehre<o:p></o:p></pre> <pre> * Wissenschaftliches Rechnen/bwHPC-S5<o:p></o:p></pre> <pre> * KIM Ausbildung<o:p></o:p></pre> <pre>78457 Konstanz<o:p></o:p></pre> <pre><a href="tel:+49%207531%20885413" target="_blank">+49 7531 88 54 13</a>, Raum: B 803<o:p></o:p></pre> </div> </div> </blockquote> </div> </div> </div> <div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">-- <o:p></o:p></p> </div> </div> <div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <span class="MsoHyperlink">cp2k+...@googlegroups.com</span>.<o:p></o:p></p> </div> </div> <div> <div> <p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/66ee5dce-101b-4b8c-b620-891ea08da80co%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer" target="_blank"> https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/66ee5dce-101b-4b8c-b620-891ea08da80co%40googlegroups.com</a>.<o:p></o:p></p> </div> </div> </blockquote> </div> <p class="MsoNormal">-- <br> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsu...@googlegroups.com">cp2k+unsu...@googlegroups.com</a>.<br> To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/5d6d01c4-60f9-4056-a502-3fcf7b1021cdn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer"> https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/5d6d01c4-60f9-4056-a502-3fcf7b1021cdn%40googlegroups.com</a>.<o:p></o:p></p> </div> </body> </html>