<div dir="ltr"><div>Dear Fabian</div><div><br></div><div>Thanks for your advice.</div><div><br></div><div>However, I still have a question.</div><div><br></div><div>I read information of the fractional coordinates in wikipedia, and it says that the fractional coordinates can be converted into cartesian coordinates (and in the opposite case too).</div><div>If they correspond one-to-one, isn't it the same in terms of result?</div><div>I mean, if the fractional coordinates is fixed, the cartesian coordinates will also be fixed because they can be converted each other. Am I wrong?</div><div><br></div><div>By any chance, does fixing fractional coordinates mean that the shape of the crystal lattice will be fixed?</div><div>For example, does the orthorhombic unit cell retains orthorhombic, the rhombohedral unit cell retains rhombohedral and so on?</div><div><br></div><div>sincerely</div><div><br></div><br>2020년 8월 6일 목요일 오후 8시 53분 35초 UTC+9, fa...@gmail.com 님의 말:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div>&fixed_atoms does not fix the cartesian but the fractional coordinates. In a geo_top, nvt, nvt this is the same, but if you perform a cell_opt or npt the cartesian coordinate of atoms can still change.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Fabian<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto">On Thursday, 6 August 2020 at 13:08:19 UTC+2 <a>ka...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear Matt</div><div><br></div><div>First of all, I'm sorry.</div><div>Now I noticed that coordination is wrong.</div><div>I mean "coordinates".</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Do you mean &fixed_atoms and cell parameters are independent?</div><div><br></div><div>Well, in my case, xyz lengths of the cell and the distances among atoms are the same, because all fixed atoms form the cell frame(a cube shape).</div><div>I have already checked and confirmed that they are the same length.</div><div><br></div><div>The coordinates should have been fixed with &fixed_atoms, according to manual.</div><div>Nevertheless coordinates of atoms were changed at the output.</div><div><br></div><div>I don't understand this.</div><div><br></div><br>2020년 8월 6일 목요일 오후 6시 51분 6초 UTC+9, Matt W 님의 말:</div><div dir="ltr"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">To my knowledge it fixes the cartesian position of the atoms listed. The cell parameters are free to adjust if you perform a cell optimization.<div><br></div><div>Matt<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto">On Wednesday, August 5, 2020 at 11:49:06 AM UTC+1 <a rel="nofollow">ka...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello, everyone<div><br></div><div><br></div><div><div>I try to optimize cell coordinate with &fixed_atoms.</div><div>I thought that it will be optimized not to change coordination because of the word "fix"</div><div>and I read the manual says that "specifies a list of atoms to freeze".</div><div><br></div><div>But I noticed that the coordination is changed somewhat at the output file.</div><div>What is the principle of the &fixed_atoms?</div><div>Doesn't it just freeze or fix the coordination?</div><div><br></div><div>This is a part of my input.</div><div><div>&MOTION</div><div>  &CELL_OPT</div><div>    KEEP_ANGLES .T.</div><div>  &END CELL_OPT</div><div>   &CONSTRAINT</div><div>     &FIXED_ATOMS</div><div>        LIST 1..56</div><div>     &END FIXED_ATOMS</div><div>   &END CONSTRAINT</div></div><div>...(omission)...</div><div><br></div><div><div>  &SUBSYS</div><div>    &CELL</div><div>      ABC              10.166 10.166 10.166</div><div>      ALPHA_BETA_GAMMA 90.0   90.0   90.0</div><div>      PERIODIC  XYZ</div><div>      MULTIPLE_UNIT_CELL  1 1 1</div><div>    &END CELL</div></div><div><div>...(omission)...</div><div><br></div></div><div>And, at the output file, the cell vector ABC was changed to 10.436 at the Fe2+ lattice, to 10.447 at the Zn2+ lattice and so on.</div><div><br></div><div><div>If anyone understands about this, please tell me.</div><div><br></div></div><div><br></div><div>Thanks for your attention.</div></div></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>