Dear Harsha<div><br></div><div>The syntax for the cubecruncher is</div><div><p>./cubecruncher.x  -i input.cube -o output.cube -1d_profile dir delta</p>where dir is 1, 2 or 3 indicating the axis x, y, or z</div><div>while delta is the integration interval along the direction of the profile, to obtain a smoother curve.</div><div>I guess that the difference between the two plots you posted is the normalisation by the volume element. </div><div>The CP2K output is in atomic units, i.e.,  Hartree in this case. </div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Marcella</div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, July 29, 2020 at 1:29:07 PM UTC+2 Harsha wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>Hello everyone,</div><div><br></div><div>I generated CUBE file using the V_HARTREE_CUBE command. However, now I am trying to plot the plane average electrostatic potential along Z-axis. Based on suggestions from other conversations here I installed Cubecruncher but couldn't figure out the proper syntax to use it </div><div><br></div><div>./cubecruncher.x -espot -i input.cube -o output.cube </div><div><br></div><div>can someone please correct the syntax.</div><div><br></div><div>Since I couldn't figure out the correct syntax for cubecruncher I used cubetoolz script from : <a href="https://github.com/funkymunkycool/Cube-Toolz" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://github.com/funkymunkycool/Cube-Toolz&source=gmail&ust=1596468436520000&usg=AFQjCNGcqc5OcvnBjcaU_6bUEz8Z1phxog">https://github.com/funkymunkycool/Cube-Toolz</a> and generated the plane average electrostatic potential file along Z-axis and plot the output.</div><div><br></div><div>To verify if the plot I generated is correct, I repeated the experiment using VASP and generated the same plot (both attached below). If you look at the Y-axis of both plots you can see that the difference in the scale, VASP is in eV and cp2K in Hartree(?)  </div><div><br></div><div>Does anyone know why there is sure a huge difference in both? difference between two plateaus in VASP is ~3eV and in cp2k is ~50 Hartree. Since both codes generate very similar plots I suspect the problem is with units.</div><div><br></div><div>I have a feeling I am missing something trivial but couldn't figure out what, any suggestions would be of immense help.</div><div><br></div><div>Please and Thank you,</div><div><br></div><div>Harsha.</div></blockquote></div>