Dear Dave, <div><br></div><div>The s=default subset type is ALL</div><div>If you prefer to define a subset, then give LIST and specify the indexes of atoms belonging to the subset. </div><div>The weights are only needed if within the subset you want to give different importance to different atoms.</div><div>Regards</div><div>Marcella<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, July 29, 2020 at 6:47:56 PM UTC+2 mdsi...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">For the Colvar RMSD input, can someone give me a run down on how you would use the keywords: ATOMS, SUBSET_TYPE, WEIGHTS?<div><br></div><div>If I would like all the atoms to be in the RMSD colvar, would I use "SUBSET_TYPE ALL" and then not need to worry about setting ATOMS or WEIGHTS? </div><div><br></div><div>Also, is the WEIGHTS molecular weight of the atoms?</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div>Dave</div></div></blockquote></div>