<div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El dom., 21 jun. 2020 a las 1:14, Lucas Lodeiro (<<a href="mailto:eluni...@gmail.com">eluni...@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi all,</div><div>I want to perform single molecule molecular dynamics.<br></div><div>First I do a convergence test for cutoff, cell size and poisson solver. I read in old mails, that MT is better than WAVELET for MD, due to the first is translational invariant.</div><div>After that I start a MD from the optimized molecular geometry at the same level of theory. I want to obtain statistical information for a given temperature (300K for example), I think an NVT is not well behaved for a single molecule, then I ran NVE MD. As the geometry is at the minimum, I start with 2*T (where T is the target temperature) thinking in virial theorem (at equilibrium equal potential and kinetic energy).</div><div>But the system is not converging (the average temperature) at the desired temperature. It shows a weird temperature oscillation (different as expected due to bond oscillation), it present in some moment higher temperature than the initial and a potential energy lower than the initial... Also, the molecular rotation exhibits variations along the MD and translation in the box. For that I start a new MD with the same INPUT and geometry, adding ANGVEL_ZERO. The MD starts without rotation but in 300 fs it starts to rotate.</div><div>I attach the files for both MD.</div><div><br></div><div>I read about the geometrical constraints, it would be useful for diatomic molecules, but for H2O or complexer molecules is not a solution.</div><div><br></div><div>Has somebody  faced these problems? some advice?</div><div><br></div><div>regards<br></div><div></div><div><br></div><div><br></div></div>
</blockquote></div>