<div dir="ltr">Greetings everyone, <div><br></div><div>I intend to run AIMD of two molecules (polymer with another molecule) with the SCCS implicit model and non-periodic boundary conditions. I used the implicit solvent model as studying solute-solvent interactions are not important for my study.</div><div><br></div><div>However, when I do I've noticed that around 50 fs, the ends of a polymer molecule begin to distort unnaturally. When trying the same system with periodic boundary conditions, no such distorting was observed. Does that mean that the non-periodic boundary condition does not work well with the SCCS model?</div><div><br></div><div>I have attached the input and output files for all cases. Any help would be greatly appreciated.</div><div><br></div><div>Thank you</div><div><br></div><div>Best Regards</div><div>Abdullah Bin Faheem</div></div>