<div dir="ltr">Fabian, thanks for the clarification!<br><br>среда, 6 мая 2020 г., 16:21:09 UTC+3 пользователь Fabian Ducry написал:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>The error message is correct, you are not creating the structure that you need.</div><div><br></div><div>Let me illustrate this with the atom Cu 0 0 0:</div><div></div><div><br></div><div>You request a periodic simulation with cell size ABC [angstrom] 3.810000 3.810000 3.810000</div><div>This implies that the Cu atom (0,0,0) is repeated every 3.81 angstrom in every direction periodically. Because of this, a periodic image of the atom also exist, for instance, at (-3.81,-3.81,-3.81).</div><div>At the same time you specify the fractional coordinates for the first atom in your structure with Cu -1 -1 -1, this is equivalent to  (-3.81,-3.81,-3.81).</div><div><br></div><div>Because of the periodic boundary condition (PBC) you now have both atoms at the same location, Cu 0 0 0 because of the PBC and Cu -1 -1 -1. Therefore, the distance between these two atoms is 0.</div><div><br></div><div>To fix this problem you can do the following:</div><div> - convert the scaled to cartesian coordinates</div><div> - increase the box size by a factor of 3</div><div> I.e.</div><div>ABC [angstrom] 11.43 11.43 11.43</div><div>and <br></div><div>      &COORD<br>        SCALED FALSE<br>        Cu -3.81 -3.81 -3.81<br>        O -3.81 -1.905 -3.81</div><div>[...]</div><div>      &END COORD<br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Fabian<br></div></div></blockquote></div>