<div dir="ltr">Dear Thomas<div><br></div><div>The test cases I have ran are just test cases, their purpose are to test the input for the real work. So ideal is to run them with smallest basis set, get the results as fast as possible, check if there is any abnormal happens (like the non-zero charge in this case). If everything worked then I can move to the real case with sufficient basis set and functional.</div><div><br></div><div>You did make a good point on energy comparison...I have to think about the valid reference system...</div><div><br></div><div>Thank you for the suggestions!</div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br></div><div>Liu Jing<br><br>在 2020年4月27日星期一 UTC+2下午11:42:16，tkuehne写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Dear Jing, <div><br></div><div>honestly I don’t fully understand what you are testing and what is the rational behind it. </div><div>However, first of all you can’t compare the absolute energies (there are not even </div><div>expected to be close), since you are comparing a pseudopotential calculation with an </div><div>all electron reference. Also, I suspect that your reference is a gas phase calculation, </div><div>which can neither compared to your periodic test no. 1 (because of pbc) and also </div><div>not to test no. 2, which is not a proper isolated supercell due to too small cell dimensions </div><div>along the x-direction.</div><div><br></div><div>Best, </div><div>Thomas</div><div><br><div><br><blockquote type="cite"><div>Am 27.04.2020 um 11:25 schrieb Jing Liu <<a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="WgFGbyeaAwAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">liu...@gmail.com</a>>:</div><br><div><div dir="ltr"><font size="2">Dear CP2K users</font><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">Recently I'm trying to run the cell optimization for a organic material (<span style="color:rgb(51,51,51)">Tetraazapyrene</span>). My goal is to optmize the cell parameters of this bulk system. </font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">However during the test run there are few things that I could not explain, it's very likely that I missed something so if anyone could point them out would be very appreciated.</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2"><b>The test cases are</b>:</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">Test_1: using the cif file, set pbc x y z both in &CELL and &POISSON, initial cell parameters are taken from cif file, no super cell</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">Test_2: using the same cif file as Test_1, set pbc x y z both in &CELL and &POISSON, initial cell parameters are taken from the same cif file as Test_1, 2*2*2 super cell, set charge constraint to 0</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">Reference: single TAPP molecule, geo_opt with KOALA at cc2 level</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2"><b>The problems are</b>:</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">In Test_1: total energy of the converged run greatly dffered with respect to the reference run. They of course should not be identical but also should be close. Total energy of this run is: -340.2863 H. </font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">In Test_2: Total energy difference increased, total charge is also wrong despite the constraint was applied. Total energy of this is: -2722.1877 H, total charge of this run is: 0 (for Mulliken) and 1.2 (for Hirshfeld)</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">In Reference: Total energy is: -1061.3367 H.</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">All the inp and out files are attached.</font></div></div><div><br></div>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="WgFGbyeaAwAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.<wbr>com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/73b9a873-5d94-4fff-a37d-61ba48721201%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/73b9a873-5d94-4fff-a37d-61ba48721201%40googlegroups.com?utm_medium\x3demail\x26utm_source\x3dfooter';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/73b9a873-5d94-4fff-a37d-61ba48721201%40googlegroups.com?utm_medium\x3demail\x26utm_source\x3dfooter';return true;">https://groups.google.com/d/<wbr>msgid/cp2k/73b9a873-5d94-4fff-<wbr>a37d-61ba48721201%<wbr>40googlegroups.com</a>.<br>
<span><hth.cif></span><span><hth_supercell.inp></span><span><<wbr>hth.inp></span><span><hth_bulk_cell_opt_<wbr>supercell_reduced.out></span><span><hth_<wbr>bulk_cell_opt_reduced.out></span><span><<wbr>koala_cc2_geo_opt_last_iter_<wbr>reduced.out></span></div></blockquote></div><br></div><br><br><div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">==============================</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">Thomas D. Kühne</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">Dynamics of Condensed Matter</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">Chair of Theoretical Chemistry</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">University of Paderborn</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">Warburger Str. 100</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">D-33098 Paderborn</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">Germany</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="WgFGbyeaAwAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">td...@mail.upb.de</a></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">+49/(0)5251/60-5726</div></div></div></div>
</div>
<br></div></blockquote></div></div>