<div dir="ltr"><div>Dear Shixun,</div><div><br></div><div>Thomas is right, your geometry and/or cell is wrong. These two atoms, for instance, are very close to each other: <br></div><div> C   12.982580    0.681446    6.979503</div><div> C     1.180181    0.681446    6.979503</div><div><br></div><div>Because of the periodic boundaries the distance between them is 0.0000006353 angstrom</div><div><br></div><div>If you want periodicity in the system, you have to fix the cell size or the coordinates.<br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Fabian</div><div><br></div></div>