<div dir="ltr"><div><br></div><div>Dear All,</div>I am trying to run NPT simulation of 64 water molecules following <a href="https://aip.scitation.org/doi/am-pdf/10.1063/1.4986284">https://aip.scitation.org/doi/am-pdf/10.1063/1.4986284</a> .  I observe a drop in density at the end of density. Can anyone look at this input file and tell me where am I going wrong? <div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div><br><div><br></div><div><div>&GLOBAL</div><div>  ! the project name is made part of most output files... useful to keep order</div><div>  PROJECT WATER</div><div>  ! various runtypes (energy, geo_opt, etc.) available.</div><div>  RUN_TYPE MD</div><div>  ! reduce the amount of IO</div><div>  IOLEVEL  LOW</div><div>&END GLOBAL</div><div><br></div><div>&FORCE_EVAL</div><div>  ! the electronic structure part of CP2K is named Quickstep</div><div>  METHOD Quickstep</div><div>STRESS_TENSOR ANALYTICAL</div><div>  &DFT</div><div>    ! basis sets and pseudopotential files can be found in cp2k/data</div><div>    BASIS_SET_FILE_NAME GTH_BASIS_SETS</div><div>    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS            </div><div><br></div><div><br></div><div>    ! Charge and multiplicity</div><div>    CHARGE 0</div><div>    MULTIPLICITY 1</div><div><br></div><div>    &MGRID</div><div>       ! PW cutoff ... depends on the element (basis) too small cutoffs lead to the eggbox effect.</div><div>       ! certain calculations (e.g. geometry optimization, vibrational frequencies,</div><div>       ! NPT and cell optimizations, need higher cutoffs)</div><div>       CUTOFF [Ry] 800 </div><div>    &END</div><div><br></div><div>    &QS</div><div>       ! use the GPW method (i.e. pseudopotential based calculations with the Gaussian and Plane Waves scheme).</div><div>       METHOD GPW </div><div>       ! default threshold for numerics ~ roughly numerical accuracy of the total energy per electron,</div><div>       ! sets reasonable values for all other thresholds.</div><div>       EPS_DEFAULT 1.0E-10 </div><div>       ! used for MD, the method used to generate the initial guess.</div><div>       EXTRAPOLATION ASPC </div><div>    &END</div><div><br></div><div>    &POISSON</div><div>       PERIODIC XYZ ! the default, gas phase systems should have 'NONE' and a wavelet solver</div><div>    &END</div><div><br></div><div>    &PRINT</div><div>       ! at the end of the SCF procedure generate cube files of the density</div><div>       &E_DENSITY_CUBE OFF</div><div>       &END E_DENSITY_CUBE</div><div>       ! compute eigenvalues and homo-lumo gap each 10nd MD step</div><div>       &MO_CUBES</div><div>          NLUMO 4</div><div>          NHOMO 4</div><div>          WRITE_CUBE .FALSE.</div><div>          &EACH</div><div>            MD 10</div><div>          &END</div><div>       &END</div><div>    &END</div><div><br></div><div><br></div><div> ! use the OT METHOD for robust and efficient SCF, suitable for all non-metallic systems.</div><div>    &SCF                              </div><div>      SCF_GUESS ATOMIC ! can be used to RESTART an interrupted calculation</div><div>      MAX_SCF 30</div><div>      EPS_SCF 1.0E-6 ! accuracy of the SCF procedure typically 1.0E-6 - 1.0E-7</div><div>      &OT</div><div>        ! an accurate preconditioner suitable also for larger systems</div><div>        PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE</div><div>        ! the most robust choice (DIIS might sometimes be faster, but not as stable).</div><div>        MINIMIZER DIIS</div><div>      &END OT</div><div>      &OUTER_SCF ! repeat the inner SCF cycle 10 times</div><div>        MAX_SCF 10</div><div>        EPS_SCF 1.0E-6 ! must match the above</div><div>      &END</div><div>      ! do not store the wfn during MD</div><div>      &PRINT</div><div>        &RESTART OFF</div><div>        &END</div><div>      &END</div><div>    &END SCF</div><div><br></div><div>    ! specify the exchange and correlation treatment</div><div>    &XC</div><div>      ! use a PBE functional </div><div>      &XC_FUNCTIONAL </div><div>         &PBE</div><div>          PARAMETRIZATION revPBE</div><div>          SCALE_C 0.0</div><div>         &END</div><div>      &END XC_FUNCTIONAL</div><div>      ! adding Grimme's D3 correction (by default without C9 terms) </div><div>      &VDW_POTENTIAL</div><div>         POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL </div><div>         &PAIR_POTENTIAL</div><div>            PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat</div><div>            TYPE DFTD3</div><div>            REFERENCE_FUNCTIONAL PBE</div><div>            R_CUTOFF [angstrom] 16</div><div>         &END</div><div>      &END VDW_POTENTIAL</div><div>    &END XC</div><div>  &END DFT</div><div> </div><div>  ! description of the system</div><div>  &SUBSYS</div><div>    &CELL </div><div>      ! unit cells that are orthorhombic are more efficient with CP2K</div><div>      ABC [angstrom] 14.77 14.77 14.77</div><div>    &END CELL</div><div><br></div><div>    ! atom coordinates can be in the &COORD section,</div><div>    ! or provided as an external file.</div><div>    &TOPOLOGY</div><div>      COORD_FILE_NAME water.xyz</div><div>      COORD_FILE_FORMAT XYZ</div><div>    &END</div><div><br></div><div>    &KIND H</div><div>      BASIS_SET TZV2P-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q1</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND O</div><div>      BASIS_SET TZV2P-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q6</div><div>    &END KIND</div><div><br></div><div>  &END SUBSYS</div><div>&END FORCE_EVAL</div><div><br></div><div>! how to propagate the system, selection via RUN_TYPE in the &GLOBAL section</div><div>&MOTION</div><div> &GEO_OPT</div><div>   OPTIMIZER BFGS ! Good choice for 'small' systems (use LBFGS for large systems)</div><div>   MAX_ITER  100</div><div>   MAX_DR    [bohr] 0.003 ! adjust target as needed</div><div>   &BFGS</div><div>   &END</div><div> &END</div><div> &MD</div><div>   ENSEMBLE NPT_I  ! sampling the canonical ensemble, accurate properties might need NVE</div><div>   TEMPERATURE [K] 300</div><div>   TIMESTEP [fs] 0.5</div><div>   STEPS 10000</div><div>  &BAROSTAT</div><div>    PRESSURE 1.03                 # PRESSURE, unit[bar]</div><div>    TIMECON 300</div><div>  &END BAROSTAT</div><div><br></div><div>&THERMOSTAT</div><div>    REGION MASSIVE</div><div>    &NOSE                    #Uses the Nose-Hoover thermostat</div><div>      TIMECON 11.12           #timeconstant of the thermostat chain, how often does thermostat adjust your system</div><div>    &END NOSE</div><div>  &END</div><div><br></div><div> &END</div><div>  &PRINT</div><div>   &TRAJECTORY</div><div>     &EACH</div><div>       MD 1</div><div>     &END EACH</div><div>   &END TRAJECTORY</div><div>   &VELOCITIES OFF</div><div>   &END VELOCITIES</div><div>   &FORCES OFF</div><div>   &END FORCES</div><div>   &RESTART_HISTORY</div><div>     &EACH</div><div>       MD 500</div><div>     &END EACH</div><div>   &END RESTART_HISTORY</div><div>   &RESTART</div><div>     BACKUP_COPIES 3</div><div>     &EACH</div><div>       MD 1</div><div>     &END EACH</div><div>   &END RESTART</div><div>  &END PRINT</div><div>&END</div></div><div><br></div></div></div>