<div dir="ltr">Dear Sirs.<div>I was trying to propagate trajectories using AIMD. I was asked to start from a very high energy intermediate (similar energy as the transition state) and see the product distribution.Then I need to get the activation energy of the product formation from the high energy intermediate. So I turn to MD as the following input setup. Then I get .ener file. I noticed that the cons Qty is not constant and shift a lot at the end of the trajectory. The final products are exactly what we would expect. I was wondering if such way of running trajectories is scientific meaningful regarding to predict product distribution<b><font size="4"> and whether the sum of kin and pot is the free energy for the system. If not, how I can calculation the free energy of MD simulation? </font></b>Last question is about Cons Qty. The simulation starts after simple optimization without equilibration (which is not possible cause our initial geometry is very high in energy and equilibrium will lead it to pdt directly).But the Cons Qty tells us the system is not fully equilibriumed so not reasonable.<font color="#000000"><b> <font size="4">How should I set up MD from high energy intermediates/transition states?</font></b></font></div><div>Thanks </div><div> </div><div><i>  &MD</i></div><div><i>    ENSEMBLE NVT  </i></div><div><i>    TEMPERATURE [K] 298.15 </i></div><div><i>    TIMESTEP [fs] 0.5</i></div><div><i>    STEPS 50000 </i></div><div><i><span style="white-space:pre">    </span> &THERMOSTAT</i></div><div><i><span style="white-space:pre">   </span> &NOSE</i></div><div><i>      LENGTH 3</i></div><div><i>      YOSHIDA 3</i></div><div><i>      TIMECON 100.0</i></div><div><i>      MTS 2</i></div><div><i>    &END NOSE</i></div><div><i><span style="white-space: pre;">   </span>&END THERMOSTAT </i></div><div><i><br></i></div><div><i><br></i></div><div><i>.ener</i></div><div><i><br></i></div><div><i><div>#     Step Nr.          Time[fs]        Kin.[a.u.]          Temp[K]            Pot.[a.u.]        Cons Qty[a.u.]        UsedTime[s]</div><div>         0            0.000000         0.256346498       298.150000000     -1045.692256885     -1045.435438294         0.000000000</div><div>         1            0.500000         0.251739701       292.791953385     -1045.687561911     -1045.435241155        16.035605922</div><div>         2            1.000000         0.246770279       287.012147241     -1045.682578277     -1045.435120246         2.770686112</div><div>         3            1.500000         0.243348534       283.032403503     -1045.679265278     -1045.435124527         2.778688506</div><div>         4            2.000000         0.241726793       281.146199212     -1045.677792961     -1045.435171152         2.780995430</div><div>         5            2.500000         0.241375809       280.737977961     -1045.677567598     -1045.435195062         2.386485098</div><div>         6            3.000000         0.241853544       281.293619726     -1045.678163310     -1045.435211988         2.792329600</div><div>         7            3.500000         0.242774676       282.364964657     -1045.679229318     -1045.435256191         2.387376870</div><div>         8            4.000000         0.243440523       283.139394116     -1045.680060966     -1045.435321621         2.795848448</div><div>         9            4.500000         0.242913307       282.526202203     -1045.679685038     -1045.435373115         2.785384228</div><div>        10            5.000000         0.240445208       279.655620257     -1045.677316071     -1045.435373698         2.388625912</div><div>        11            5.500000         0.236022714       274.511931925     -1045.672927474     -1045.435311187         2.788325803</div><div>        12            6.000000         0.230602733       268.208091694     -1045.667489394     -1045.435199588         2.787662090</div><div>...</div><div><div>     29647        14823.500000         0.267209250       310.784186822     -1045.792584736     -1044.698640663         2.457661132</div><div>     29648        14824.000000         0.263518275       306.491309460     -1045.788962431     -1044.698581242         2.866651712</div><div>     29649        14824.500000         0.259648762       301.990778207     -1045.785134708     -1044.698495486         2.858745218</div><div>     29650        14825.000000         0.256924523       298.822286300     -1045.782459885     -1044.698417876         2.454754142</div><div>     29651        14825.500000         0.256586508       298.429150545     -1045.782209988     -1044.698378761         2.857808102</div><div>     29652        14826.000000         0.259300911       301.586201573     -1045.785071671     -1044.698397266         2.856152027</div></div></i></div></div>