<div dir="ltr">Yes, we should add this to the FAQ. There is <a href="https://manual.cp2k.org/cp2k-6_1-branch/CP2K_INPUT/VIBRATIONAL_ANALYSIS.html#list_NPROC_REP">NPROC_REPLICA</a> keyword which says how many cores run on each single point job. If you run with number of cores equal to 6*Natoms*NPROC_REPLICA it should run in one shot (excepting time to diagonalise the Hessian which won't fully parallelise but shouldn't be significant).<div><br></div><div>Matt<br><br>On Saturday, February 15, 2020 at 4:05:35 PM UTC, Stephen Vicchio wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Is there a keyword to set the parallelization for these vibrational jobs? I ran a small vibrational calculation (19 single point calculations) the other day and I had to select 360 GB on 20 cores because I only had one group. Does CP2K set the number of groups or the group size? I checked your .inp file, but I didn't see any input parameter that controls that setup. <div><br></div><div>Also, sorry to diverge from your initial question! This was a question I had a few days ago. <br><br>Stephen <div> <div><br>On Saturday, February 15, 2020 at 10:56:38 AM UTC-5, Torstein Fjermestad wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">They are parallelized in six groups. <div>each group run on 144 cores (NPROC_REP  144)</div><div> <br><br>lørdag 15. februar 2020 16.29.26 UTC+1 skrev Stephen Vicchio følgende:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thanks for sharing some of your insights/problems! I am curious as well. Also, do the 1735 single point calculations run simultaneously (parallelized)? Or are they performed sequentially (in series)?<div><br></div><div>Stephen <br><br>On Saturday, February 15, 2020 at 10:27:10 AM UTC-5, Matt W wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Maybe printing forces leads to you running out of disk space or a similar file system problem? It won't be affecting the actual calculation.<div><br></div><div>Matt<br><br>On Saturday, February 15, 2020 at 3:16:13 PM UTC, Torstein Fjermestad wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Just a small update:<div><br></div><div>The vibrational analysis calculation completed successfully when I changed the section parameter of &FORCES in the &PRINT section of &FORCE_EVAL from ON to SILENT. This was the only thing that changed. Here is the output of the "diff" command on the two input files:</div><div><div><      &FORCES  ON</div><div>---</div><div>>      &FORCES  SILENT</div></div><div><br></div><div>This was surprising to me because I thought the &PRINT section determined what is printed and had no influence on the outcome of the calculation. Could it be a bug? I have been using CP2K version 7.0 </div><div>the output of the command cp2k.popt -v:</div><div><br></div><div><div> CP2K version 7.0 (Development Version)</div><div> SVN source code revision</div><div> cp2kflags: fftw3 parallel mpi3 scalapack libderiv_max_am1=4 libint_max_am=5 mkl</div></div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Torstein</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><br>fredag 14. februar 2020 11.45.34 UTC+1 skrev Torstein Fjermestad følgende:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear all, <div><br></div><div>I started a vibrational analysis calculation on a system that consists of 289 atoms, and therefore 2*3*289+1 = 1735 single point calculations are necessary to complete the vibrational analysis (The input file is attached). After having completed 708 single point calculations, the vibrational analysis stopped because one single point calculation failed.</div><div><br></div><div>The error message I got was the following:</div><div><br></div><div>"Cholesky decomposition failed. Matrix ill conditioned ?"</div><div><br></div><div>While this isolated problem seems to have a straight-forward solution (for instance by following the advice provided here: <a href="https://www.cp2k.org/faq:cholesky_decomp_failed" rel="nofollow" target="_blank" onmousedown="this.href='https://www.google.com/url?q\x3dhttps%3A%2F%2Fwww.cp2k.org%2Ffaq%3Acholesky_decomp_failed\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNEN715SICbFh-Lg6Iy5gubSDI46yw';return true;" onclick="this.href='https://www.google.com/url?q\x3dhttps%3A%2F%2Fwww.cp2k.org%2Ffaq%3Acholesky_decomp_failed\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNEN715SICbFh-Lg6Iy5gubSDI46yw';return true;">https://www.cp2k.org/<wbr>faq:cholesky_decomp_failed</a>), it seems to be a bit more complicated in the context of a vibrational analysis. </div><div><br></div><div>There are two reasons why I think it would be more complicated. These are the following:</div><div><ol><li>The geometry for which the energy calculation failed is not printed (at least I cannot see it). Only the geometries for which the energy converged are printed. This makes it difficult (impossible) to troubleshoot the problem of why the energy calculation of that structure failed. Is it possible to change the print settings such that the structure is printed before the energy calculation starts?</li><li>Suppose that I will be able to compute the energy for the particular geometry. Is it then possible to restart the vibrational analysis from the point where it failed, or do I have to start all over again from the beginning? <br></li></ol><div>The input file and the output file with the error message are attached. </div><div><br></div>Thanks a lot for your help. </div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Torstein Fjermestad</div><div> </div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div></div></div></blockquote></div></div>