<div dir="ltr">I have made an ad-hoc fix by adjusting the amber.prmtop for my case. <div>But for the sake of the unsuspecting researcher, TORSIONS still has to be fixed (for AMBER style forcefields) in the main version of the CP2K code.</div><div><br></div><div><br><div><br>On Thursday, January 23, 2020 at 5:01:35 PM UTC-6, Ajay Muralidharan wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div> </div><div>Hello all,</div><div>I noticed that torsions evaluated by CP2K when using AMBER parameters are incorrect (and exactly half of the correct answer). Here is the description below:</div><div><br></div><div><font size="2">I do single point energies of a small dipeptide in vacuum using amber forcefield. (attached input files for CP2K and </font>gromacs<font size="2">)</font><br></div><div><span style="font-size:13px">Gromacs and OPENMM give the same intramolecular energy components.</span></div><div>______________________________<wbr>_______________</div><div><div><u><b>CP2K RESULTS:</b></u> (using amber.prmtop from amber tools):</div><div><span style="font-size:13px">more 1.out | grep -A 2 "FIST energy"</span></div></div><div><div>BOND = 17.8009* 4.184 = 74.478 kJ/mol</div><div>ANGLE = 34.4220 <span style="font-size:13px">* 4.184 = 144.021 kJ/mol</span></div><div>TORSION = 10.0356 <span style="font-size:13px">* 4.184 = <b><u><font color="#ff0000">41.988 kJ/mol</font></u></b></span><span style="font-size:13px"> (Incorrect value)</span></div></div><div><span style="font-size:13px">______________________________<wbr>_______________________</span></div><div><br></div><div><font size="2"><u><b>GROMACS RESULTS:</b></u> </font><font size="2">(after converting amber.prmtop -> </font><font size="2">gromacs.top)</font></div><div><span style="font-size:13px">BOND = </span><span style="font-size:13px">74.478 kJ/mol</span></div><div><span style="font-size:13px">ANGLE = </span><span style="font-size:13px">144.021 kJ/mol</span></div><div><span style="font-size:13px">TOTAL TORSIONS =  80.691(proper) + 3.2858 (improper) = <b><u><font color="#ff0000">83.97 kJ/mol</font></u></b></span><span style="font-size:13px"> (Correct value)</span></div><div><font color="#0000ff"><span style="font-size:13px"><b> </b></span><span style="font-size:13px"><b>(Exactly double as that from CP2K!) </b></span></font></div><div><span style="font-size:13px">TOTAL PE = ~251 kJ/mol. (This matches exactly with OPENMM when using amber.prmtop )</span></div><div><br></div><div><font size="2">After lots of testing, I concluded that cp2k uses a different pre-factor (of K/2) for calculating torsions. Amber parameters were generated for a </font>pre-factor of K (not K/2).<font size="2"> </font></div><div>______________________________<wbr>________________________</div><div><span style="font-size:13px"><br></span></div><div>Then saw this post describing a similar issue (7 years ago): </div><div><u><a href="https://groups.google.com/forum/#!searchin/cp2k/amber$20torsion%7Csort:date/cp2k/PeMpumD2oXU/1uWBed2IfhkJ" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/forum/#!searchin/cp2k/amber$20torsion%7Csort:date/cp2k/PeMpumD2oXU/1uWBed2IfhkJ';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/forum/#!searchin/cp2k/amber$20torsion%7Csort:date/cp2k/PeMpumD2oXU/1uWBed2IfhkJ';return true;">https://groups.google.com/<wbr>forum/#!searchin/cp2k/amber$<wbr>20torsion%7Csort:date/cp2k/<wbr>PeMpumD2oXU/1uWBed2IfhkJ</a></u><br></div><div><b>(Seems like TORSIONS is still broken in svn:18464)</b><b><br></b></div><div><br></div><div>Here is my version of cp2k:</div><div><span style="font-size:13px">mpirun -n 1 cp2k.popt --version   </span><br></div><div>CP2K version 6.1   </div><div>SVN source code revision svn:18464   </div><div>cp2kflags: libint fftw3 libxc parallel mpi3 scalapack xsmm libderiv_max_am1=5 libint_max_am=6 plumed2 mkl  <br></div><div><br></div></div></blockquote></div></div></div>