<div dir="ltr">Hi Lucas Lodeiro,<div>Thanks for your response. Actually I want to do vibrational analysis in the matrix such as Ar and N2. So basically I want to make a cubic cell of the Ar or N2 and i want to put my molecule of interest inside this cube. So can you tell me what is the exact procedure to do such kind of calculations? Should I have to make a cubic cell first then optimized first and after optimization of this cubic cell I have to put my molecule of interest inside this and again I have to optimize this system? or simply should I make a system of interest and optimize this. </div><div><br></div><div>And one more inquiry I want that my interest in systems has less than 100 atoms so should I have to apply PBC of such kind of systems?</div><div><br></div><div>Thanks, Sumit<br><br>On Thursday, January 16, 2020 at 7:31:13 AM UTC-8, Lucas Lodeiro wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>Hi Sumit,</div><div>If a vibrational mode presents a "negative" frequency (really it is an imaginary frequency, due to the hessian element is the negative one), it is because your system is not at minimmum stationary point (it could be in a 1° order saddle point). To fix it you must to do a geometry optimization first, to reach a stationary point, then a vibrational analysis will have useful information.</div><div>It is important to note that a vibrational analysis with Harmonic approximation does not have sense if you do not found a stationary point on the Potential Energy Surface.</div><div><br></div><div>Regards - Lucas Lodeiro<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El mar., 14 ene. 2020 a las 9:23, sumit agrawal (<<a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="yYdu3WUSDwAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">sum...@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">When I am trying to do to vibrational analysis, there are some modes that have negative frequencies. How can I solve this issue? </div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="yYdu3WUSDwAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.<wbr>com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/90400cfa-ea6a-4785-b78d-cf66f2de5c4d%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/90400cfa-ea6a-4785-b78d-cf66f2de5c4d%40googlegroups.com?utm_medium\x3demail\x26utm_source\x3dfooter';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/90400cfa-ea6a-4785-b78d-cf66f2de5c4d%40googlegroups.com?utm_medium\x3demail\x26utm_source\x3dfooter';return true;">https://groups.google.com/d/<wbr>msgid/cp2k/90400cfa-ea6a-4785-<wbr>b78d-cf66f2de5c4d%<wbr>40googlegroups.com</a>.<br>
</blockquote></div>
</blockquote></div></div>