<div dir="ltr"><div>Dear Marcella,</div><div><br></div><div>Thank you very much for your help</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div>Stefano<br></div><br>Il giorno lunedì 16 dicembre 2019 14:30:36 UTC+1, Marcella Iannuzzi ha scritto:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear Stefano, <div><br></div><div>1) You can fix atoms, but  this will not affect the computational time for the NEB simulation.</div><div>2) The default for K_SPRING is good in most of the cases. I would keep it unless you have a very good reason not to.</div><div>3) The NUMBER_OF_REPLICAS should be set such that the RMSD distance among neighbouring beads does not exceed 1-2 Å </div><div>4) Be sure that you run on a total number of processors that is a multiple of NUMBER_OF_REPLICAS*NPROC_<wbr>REP</div><div>5) This should be easy to check by comparing the absolute values of the coordinates. </div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div>Marcella<br><br>On Monday, December 16, 2019 at 1:46:28 PM UTC+1, Stefano Ferrero wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear CP2K experts,</div><div><br></div><div>I have just started using CP2K and I would be really thankful if anybody can help me.</div><div>I am trying to calculate diffusion barriers of single atoms adsorbed on a surface using the NEB method.</div><div>
 I optimized at DFT level the initial and final positions of the 
diffusion hop and I am providing those as first and last replicas.<br></div><div>I have some questions about the set up of the calculation and the computational strategy to follow to obtain good results.</div><div> <br></div><div>1)
 My system contains more than 200 atoms. Can I fix the atoms underneath 
the first layer of the surface to save computational time?</div><div>2) Should the value of K_SPRING be varied in order to see if there are changes in the results?<br></div><div>3) Should the value of NUMBER_OF_REPLICAS be varied in order to see if there are changes in the results?</div><div>4) Are there any other important parameters to take care of?<br></div><div></div><div>5) When
 plotting the energy profile of the NEB calculations I always find that 
the last frame, which I gave as an input, changes in energy with 
respect to the result found in the geometry optimization previously 
performed.Is it due to the ALIGN_FRAMES and ROTATE_FRAMES keywords, which I did not switched off? <br></div><div><br></div><div>Is this a good strategy to obtain the diffusion energy barriers or would you suggest something else?<br></div><div><br></div><div>I've attached the input file used and the geometries of the initial and final replicas.</div><div>Thank you for your help!</div><div><br></div><div>Stefano Ferrero<br></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div>