<div dir="ltr">Dear Prof. Travis<div><br></div><div>Thank you very much for your information. </div><div>I set the output format as DCD , the file can not visualize via VMD. </div><div>I am not sure if the VMD support the CP2K DCD trajectory file or not.</div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br></div><div>Liyi Bai</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Travis <<a href="mailto:polla...@gmail.com">polla...@gmail.com</a>> 于2019年12月13日周五 上午11:24写道：<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
XMOL (XYZ) format conatins no info about the lattice. The file in the example lists parameters in the title/comment line. This isn't read in any meaningful way in most visualization programs. If you want lattice info, save your trajectories in the future in DCD format. If you ran an NVT simulation your lattice is the same one from your input file, so you can add that via the console in VMD for all frames. If you ran NPT, you should look for a similar question to yours elsewhere in the forums. It has Python code that will read the CELL and XYZ file from CP2K and output a Gromacs style file that contains lattice data.<br>
<br>
-T<br>
<br>
-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/3505dd83-3085-43f4-ac88-384731bbeaad%40googlegroups.com" rel="noreferrer" target="_blank">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/3505dd83-3085-43f4-ac88-384731bbeaad%40googlegroups.com</a>.<br>
</blockquote></div>