<div dir="ltr">Hello everyone, <div><br></div><div>so, I have a molecular structure that I want to optimize and I understand the procedure involving GEO_OPT to do so. In my case I have to care for periodicities along let's say the x-axis. For that purpose, I use VMD to approximate a simulation cell for my structure as tight fitting as possible, so that between periodic images of the structure (along x-axis) there is not much overlap or distance. </div><div>Now, I assumed that by running CELL_OPT in a subsequent step I would get a better simulation cell which I could use in another GEO_OPT step to get more exact results. But judging from the output of the CELL_OPT I'm guessing that CELL_OPT also changes xyz coordinates of my structure, i.e. tries to optimize the structure?</div><div><br></div><div>Can someone explain to me the difference between the two (CELL- and GEO_OPT)? Maybe I just misunderstood what a cell optimization is. </div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Konstantin</div></div>