<div dir="ltr"><font face="georgia, serif">Hi everyone,</font><div><font face="georgia, serif"><br></font></div><div><font face="georgia, serif">There is some problem when running <a href="https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm">this tutorial about biochemic</a> . </font></div><div><font face="georgia, serif">Following instruction in that page , I installed Ambertool and alter LJ parameter in complex.prmtop file, but after typing <div class="prettyprint" style="background-color: rgb(250, 250, 250); border-color: rgb(187, 187, 187); border-style: solid; border-width: 1px; overflow-wrap: break-word;"><code class="prettyprint"><div class="subprettyprint"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">changeLJSingleType </span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">:*</span><span style="color: #066;" class="styled-by-prettify">@HO</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"> </span><span style="color: #066;" class="styled-by-prettify">0.3019</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"> </span><span style="color: #066;" class="styled-by-prettify">0.047</span></div></code></div><br></font></div><div><font face="georgia, serif">Ambertool reported an error: <u><i>No atoms selected in : *@HO. Nothing to do.</i></u></font></div><div><font face="georgia, serif"><br></font></div><div><font face="georgia, serif">I'm not an Amber user, the meaning of that command is not so explicit. I guess the command wants to cha</font><span style="font-family: georgia, serif;">nge parameter of O-H bond. </span><span style="font-family: georgia, serif;"> </span></div><div><span style="font-family: georgia, serif;"><br></span></div><div><span style="font-family: georgia, serif;">I used the unchanged parameter file complex.prmtop in third part of that tutorial : monitor running. Then cp2k report a problem: </span></div><div><span style="font-family: georgia, serif; font-size: small;"><font color="#000000"><u><i>geometry wrong or emax_spline too small.</i></u></font></span><br></div><div><span style="font-family: georgia, serif; font-size: small;"><font color="#000000"><u><i><br></i></u></font></span></div><div><font color="#000000" face="georgia, serif" size="2"><u>It </u>is believed that this problem is caused by improper filed parameter. So how should I correct the reported problem by ambertool ?</font></div><div><span style="font-family: georgia, serif;"><br></span></div><div><span style="font-family: georgia, serif;"><br></span></div></div>