<div dir="ltr"><div>Hi, </div><div><br></div>I am not sure about your case but I have a similar problem when I updated to intel compiler and mkl 2019. Maybe I made something wrong during the installation but downgrade to 2018 version solved my problem.<div><br></div><div>Nam<br><br>On Monday, 28 October 2019 18:35:15 UTC+11, Ke Zhou  wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear Developers,<div><br></div><div><div style="font-size:small">Now I am running <span>cp2k</span> 6.1 on our new cluster. </div><div style="font-size:small">The <b>memory usage for <span>cp2k</span> is increased with time </b>during running. Finally,  it stops when the usage reach the upper bound. I also tried <span>cp2k</span> 5.1 and had same problem. </div><div style="font-size:small"><b>But I run it in our old cluster which is 2.5.1 version, it works well.</b></div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small">However, I run one of the example in CP2K package, H2O-64.inp (path: ./test/QS/benchmark, bulk water), using both 6.1 and 5.1, it runs well.</div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small">Can you help me?</div><div style="font-size:small">Is the problem from compile or the input file?</div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small"><div>Best,</div><div>Ke   </div><div><br></div><div><br></div></div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small">Input file:</div><div style="font-size:small">########## H2O-64.inp, from example file ##################</div><div><div><font size="2">&FORCE_EVAL</font></div><div><font size="2">  METHOD QS</font></div><div><font size="2">  &DFT</font></div><div><font size="2">    BASIS_SET_FILE_NAME GTH_BASIS_SETS</font></div><div><font size="2">    POTENTIAL_FILE_NAME POTENTIAL</font></div><div><font size="2">    &MGRID</font></div><div><font size="2">      CUTOFF 280</font></div><div><font size="2">      REL_CUTOFF 30</font></div><div><font size="2">    &END MGRID</font></div><div><font size="2">    &QS</font></div><div><font size="2">      EPS_DEFAULT 1.0E-12</font></div><div><font size="2">      WF_INTERPOLATION PS </font></div><div><font size="2">      EXTRAPOLATION_ORDER 3 </font></div><div><font size="2">    &END QS</font></div><div><font size="2">    &SCF</font></div><div><font size="2">      SCF_GUESS ATOMIC</font></div><div><font size="2">      &OT ON</font></div><div><font size="2">        MINIMIZER DIIS</font></div><div><font size="2">      &END OT</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">      &PRINT</font></div><div><font size="2">        &RESTART OFF</font></div><div><font size="2">        &END</font></div><div><font size="2">      &END</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    # SCF_GUESS        RESTART</font></div><div><font size="2">    # EPS_SCF      1.0E-7</font></div><div><font size="2">    &END SCF</font></div><div><font size="2">    &XC</font></div><div><font size="2">      &XC_FUNCTIONAL Pade</font></div><div><font size="2">      &END XC_FUNCTIONAL</font></div><div><font size="2">    &END XC</font></div><div><font size="2">  &END DFT</font></div><div><font size="2">  &SUBSYS</font></div><div><font size="2">    &CELL</font></div><div><font size="2">      ABC 12.4138 12.4138 12.4138</font></div><div><font size="2">    &END CELL</font></div><div><font size="2">  # 64 H2O (TIP5P,1bar,300K) a = 12.4138</font></div><div><font size="2">    &COORD</font></div><div><font size="2">   O      12.235322       1.376642      10.869880</font></div><div><font size="2">   O       6.445390       3.706940       8.650794</font></div><div><font size="2">   O       0.085977       2.181322       8.276663</font></div><div><font size="2">   O      12.052554       2.671366       2.147199</font></div><div><font size="2">   O      12.250036       4.190930      12.092014</font></div><div><font size="2">   O       7.187422       0.959062       4.733469</font></div><div><font size="2">   O       8.346457       7.210040       4.667644</font></div><div><font size="2">   O      12.361546      11.527875       8.106887</font></div><div><font size="2">   O       3.299984       4.440816       9.193275</font></div><div><font size="2">   O       2.855829       3.759909       6.552815</font></div><div><font size="2">   O       1.392494       6.362753       0.586172</font></div><div><font size="2">   O       1.858645       8.694013       2.068738</font></div><div><font size="2">   O       3.770231      12.094519       8.652183</font></div><div><font size="2">   O       6.432508       3.669828       2.772418</font></div><div><font size="2">   O       1.998724       1.820217       4.876440</font></div><div><font size="2">   O       8.248581       2.404730       6.931303</font></div><div><font size="2">   O       5.753814       3.360029      12.461534</font></div><div><font size="2">   O      11.322212       5.649239       2.236798</font></div><div><font size="2">   O       4.277318       2.113956      10.590808</font></div><div><font size="2">   O       5.405015       3.349247       5.484702</font></div><div><font size="2">   O       6.493278      11.869958       0.684912</font></div><div><font size="2">   O       3.275250       2.346576       2.425241</font></div><div><font size="2">   O       7.981003       6.352512       7.507970</font></div><div><font size="2">   O       5.985990       6.512854      12.194648</font></div><div><font size="2">   O      10.636714      11.856872      12.209540</font></div><div><font size="2">   O       9.312283       3.670384       3.508594</font></div><div><font size="2">   O       1.106885       5.830301       6.638695</font></div><div><font size="2">   O       8.008007       3.326363      10.869818</font></div><div><font size="2">   O      12.403000       9.687405      11.761901</font></div><div><font size="2">   O       4.219782       7.085315       8.153470</font></div><div><font size="2">   O       3.781557       8.203821      11.563272</font></div><div><font size="2">   O      11.088898       4.532081       7.809475</font></div><div><font size="2">   O      10.387548       8.408890       1.017882</font></div><div><font size="2">   O       1.979016       6.418091      10.374159</font></div><div><font size="2">   O       4.660547       0.549666       5.617403</font></div><div><font size="2">   O       8.745880      12.256257       8.089383</font></div><div><font size="2">   O       2.662041      10.489890       0.092980</font></div><div><font size="2">   O       7.241661      10.471815       4.226946</font></div><div><font size="2">   O       2.276827       0.276647      10.810417</font></div><div><font size="2">   O       8.887733       0.946877       1.333885</font></div><div><font size="2">   O       1.943554       8.088552       7.567650</font></div><div><font size="2">   O       9.667942       8.056759       9.868847</font></div><div><font size="2">   O      10.905491       8.339638       6.484782</font></div><div><font size="2">   O       3.507733       4.862402       1.557439</font></div><div><font size="2">   O       8.010457       8.642846      12.055969</font></div><div><font size="2">   O       8.374446      10.035932       6.690309</font></div><div><font size="2">   O       5.635247       6.076875       5.563993</font></div><div><font size="2">   O      11.728434       1.601906       5.079475</font></div><div><font size="2">   O       9.771134       9.814114       3.548703</font></div><div><font size="2">   O       3.944355      10.563450       4.687536</font></div><div><font size="2">   O       0.890357       6.382287       4.065806</font></div><div><font size="2">   O       6.862447       6.425182       2.488202</font></div><div><font size="2">   O       3.813963       6.595122       3.762649</font></div><div><font size="2">   O       6.562448       8.295463       8.807182</font></div><div><font size="2">   O       9.809455       0.143325       3.886553</font></div><div><font size="2">   O       4.117074      11.661225       2.221679</font></div><div><font size="2">   O       5.295317       8.735561       2.763183</font></div><div><font size="2">   O       9.971999       5.379339       5.340378</font></div><div><font size="2">   O      12.254708       8.643874       3.957116</font></div><div><font size="2">   O       2.344274      10.761274       6.829162</font></div><div><font size="2">   O       7.013416       0.643488      10.518797</font></div><div><font size="2">   O       5.152349      10.233624      10.359388</font></div><div><font size="2">   O      11.184278       5.884064      10.298279</font></div><div><font size="2">   O      12.252335       8.974142       9.070831</font></div><div><font size="2">   H      12.415139       2.233125      11.257611</font></div><div><font size="2">   H      11.922476       1.573799       9.986994</font></div><div><font size="2">   H       5.608192       3.371543       8.971482</font></div><div><font size="2">   H       6.731226       3.060851       8.004962</font></div><div><font size="2">   H      -0.169205       1.565594       7.589645</font></div><div><font size="2">   H      -0.455440       2.954771       8.118939</font></div><div><font size="2">   H      12.125168       2.826463       1.205443</font></div><div><font size="2">   H      12.888828       2.969761       2.504745</font></div><div><font size="2">   H      11.553255       4.386613      11.465566</font></div><div><font size="2">   H      12.818281       4.960808      12.067151</font></div><div><font size="2">   H       7.049495       1.772344       4.247898</font></div><div><font size="2">   H       6.353019       0.798145       5.174047</font></div><div><font size="2">   H       7.781850       7.384852       5.420566</font></div><div><font size="2">   H       9.103203       6.754017       5.035898</font></div><div><font size="2">   H      12.771232      11.788645       8.931744</font></div><div><font size="2">   H      12.018035      10.650652       8.276334</font></div><div><font size="2">   H       3.557245       3.792529       9.848846</font></div><div><font size="2">   H       2.543844       4.884102       9.577958</font></div><div><font size="2">   H       2.320235       4.521250       6.329813</font></div><div><font size="2">   H       2.872128       3.749963       7.509824</font></div><div><font size="2">   H       1.209685       7.121391       1.140501</font></div><div><font size="2">   H       2.238885       6.038801       0.894245</font></div><div><font size="2">   H       2.763109       8.856353       2.336735</font></div><div><font size="2">   H       1.329379       9.047369       2.783755</font></div><div><font size="2">   H       4.315639      11.533388       9.203449</font></div><div><font size="2">   H       3.098742      12.433043       9.244412</font></div><div><font size="2">   H       5.987369       3.448974       3.590530</font></div><div><font size="2">   H       5.813096       3.419344       2.086985</font></div><div><font size="2">   H       1.057126       1.675344       4.969379</font></div><div><font size="2">   H       2.248496       2.292119       5.670892</font></div><div><font size="2">   H       8.508264       1.653337       7.464411</font></div><div><font size="2">   H       8.066015       2.034597       6.067646</font></div><div><font size="2">   H       5.197835       2.915542      11.821572</font></div><div><font size="2">   H       6.630900       3.329981      12.079371</font></div><div><font size="2">   H      10.788986       6.436672       2.127933</font></div><div><font size="2">   H      11.657923       5.463602       1.359832</font></div><div><font size="2">   H       3.544476       1.634958      10.977765</font></div><div><font size="2">   H       4.755770       1.455054      10.087655</font></div><div><font size="2">   H       4.465371       3.375459       5.665294</font></div><div><font size="2">   H       5.682663       4.264430       5.524498</font></div><div><font size="2">   H       6.174815      11.778676       1.582954</font></div><div><font size="2">   H       5.713640      12.089924       0.174999</font></div><div><font size="2">   H       3.476076       1.498708       2.028983</font></div><div><font size="2">   H       2.730229       2.134295       3.182949</font></div><div><font size="2">   H       7.119624       5.936450       7.474030</font></div><div><font size="2">   H       8.536492       5.799405       6.958665</font></div><div><font size="2">   H       5.909499       5.717477      11.667621</font></div><div><font size="2">   H       6.125402       6.196758      13.087330</font></div><div><font size="2">   H      11.203499      12.513536      11.804844</font></div><div><font size="2">   H      10.260930      12.300153      12.970145</font></div><div><font size="2">   H       9.985036       3.927685       2.878172</font></div><div><font size="2">   H       8.545584       3.468329       2.972331</font></div><div><font size="2">   H       1.399882       6.620092       7.093246</font></div><div><font size="2">   H       0.963561       6.112523       5.735345</font></div><div><font size="2">   H       8.067363       3.674002       9.979955</font></div><div><font size="2">   H       8.000737       2.375959      10.756190</font></div><div><font size="2">   H      11.821629      10.402510      12.020482</font></div><div><font size="2">   H      12.206854       8.983242      12.379892</font></div><div><font size="2">   H       3.461473       7.606485       7.889688</font></div><div><font size="2">   H       3.844478       6.304711       8.560946</font></div><div><font size="2">   H       3.179884       7.585614      11.148494</font></div><div><font size="2">   H       4.401957       7.652030      12.039573</font></div><div><font size="2">   H      11.573777       5.053211       7.169515</font></div><div><font size="2">   H      10.342076       4.186083       7.320831</font></div><div><font size="2">   H      10.065640       8.919194       1.760981</font></div><div><font size="2">   H       9.629585       8.322499       0.439729</font></div><div><font size="2">   H       1.396302       6.546079       9.625630</font></div><div><font size="2">   H       1.405516       6.479759      11.138049</font></div><div><font size="2">   H       4.024008       1.232518       5.405828</font></div><div><font size="2">   H       4.736858       0.579881       6.571077</font></div><div><font size="2">   H       9.452293      12.313381       8.732772</font></div><div><font size="2">   H       8.976559      11.502788       7.545965</font></div><div><font size="2">   H       1.834701      10.012311       0.153462</font></div><div><font size="2">   H       3.295197       9.836403      -0.204175</font></div><div><font size="2">   H       7.056724      11.401702       4.095264</font></div><div><font size="2">   H       6.499038      10.020287       3.825865</font></div><div><font size="2">   H       1.365541       0.487338      11.013887</font></div><div><font size="2">   H       2.501591      -0.428131      11.417871</font></div><div><font size="2">   H       8.644279       1.812362       1.005409</font></div><div><font size="2">   H       8.142674       0.388030       1.112955</font></div><div><font size="2">   H       1.272659       8.365063       8.191888</font></div><div><font size="2">   H       2.142485       8.877768       7.063867</font></div><div><font size="2">   H       8.961493       7.826192       9.265523</font></div><div><font size="2">   H       9.227102       8.487654      10.601118</font></div><div><font size="2">   H      10.150144       7.758934       6.392768</font></div><div><font size="2">   H      10.596082       9.187988       6.167290</font></div><div><font size="2">   H       3.463106       4.096188       2.129414</font></div><div><font size="2">   H       3.919461       4.539801       0.755791</font></div><div><font size="2">   H       7.418998       9.394959      12.028876</font></div><div><font size="2">   H       7.430413       7.883095      12.106546</font></div><div><font size="2">   H       7.972905      10.220334       5.841196</font></div><div><font size="2">   H       7.675111       9.631498       7.203725</font></div><div><font size="2">   H       5.332446       6.381336       6.419473</font></div><div><font size="2">   H       5.000025       6.434186       4.943466</font></div><div><font size="2">   H      11.575078       2.271167       4.412540</font></div><div><font size="2">   H      11.219802       0.847030       4.783357</font></div><div><font size="2">   H       8.865342       9.721516       3.843998</font></div><div><font size="2">   H      10.000732      10.719285       3.758898</font></div><div><font size="2">   H       3.186196      10.476397       5.265333</font></div><div><font size="2">   H       4.407331      11.335128       5.013723</font></div><div><font size="2">   H       0.558187       7.255936       3.859331</font></div><div><font size="2">   H       0.341672       5.789383       3.552346</font></div><div><font size="2">   H       7.459933       6.526049       3.229193</font></div><div><font size="2">   H       6.696228       5.483739       2.440372</font></div><div><font size="2">   H       3.864872       6.313007       2.849385</font></div><div><font size="2">   H       2.876419       6.621201       3.953862</font></div><div><font size="2">   H       5.631529       8.079145       8.753997</font></div><div><font size="2">   H       7.003296       7.568245       8.367822</font></div><div><font size="2">   H       9.615413       0.527902       3.031755</font></div><div><font size="2">   H       8.962985       0.109366       4.332162</font></div><div><font size="2">   H       3.825854      11.139182       1.474087</font></div><div><font size="2">   H       4.063988      11.063232       2.967211</font></div><div><font size="2">   H       5.784391       7.914558       2.708486</font></div><div><font size="2">   H       4.780461       8.655167       3.566110</font></div><div><font size="2">   H      10.880659       5.444664       5.046607</font></div><div><font size="2">   H       9.593331       4.687991       4.797350</font></div><div><font size="2">   H      11.562317       8.960134       3.376765</font></div><div><font size="2">   H      11.926084       8.816948       4.839320</font></div><div><font size="2">   H       2.856874      11.297981       7.433660</font></div><div><font size="2">   H       1.492332      11.195517       6.786033</font></div><div><font size="2">   H       7.145820       0.090200       9.749009</font></div><div><font size="2">   H       7.227275       0.077690      11.260665</font></div><div><font size="2">   H       4.662021       9.538430      10.798155</font></div><div><font size="2">   H       5.994537       9.833472      10.142985</font></div><div><font size="2">   H      10.544299       6.595857      10.301445</font></div><div><font size="2">   H      11.281750       5.653082       9.374494</font></div><div><font size="2">   H      12.103020       8.841164      10.006916</font></div><div><font size="2">   H      11.491592       8.576221       8.647557</font></div><div><font size="2">    &END COORD</font></div><div><font size="2">    &KIND H</font></div><div><font size="2">      BASIS_SET TZV2P-GTH</font></div><div><font size="2">      POTENTIAL GTH-PADE-q1</font></div><div><font size="2">    &END KIND</font></div><div><font size="2">    &KIND O</font></div><div><font size="2">      BASIS_SET TZV2P-GTH</font></div><div><font size="2">      POTENTIAL GTH-PADE-q6</font></div><div><font size="2">    &END KIND</font></div><div><font size="2">  &END SUBSYS</font></div><div><font size="2">&END FORCE_EVAL</font></div><div><font size="2">&GLOBAL</font></div><div><font size="2">  PROJECT H2O-64</font></div><div><font size="2">  RUN_TYPE MD</font></div><div><font size="2">  PRINT_LEVEL LOW</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">  &TIMINGS</font></div><div><font size="2">     THRESHOLD 0.000001</font></div><div><font size="2">  &END</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">&END GLOBAL</font></div><div><font size="2">&MOTION</font></div><div><font size="2">  &MD</font></div><div><font size="2">    ENSEMBLE NVE</font></div><div><font size="2">    STEPS 10000000</font></div><div><font size="2">    TIMESTEP 0.5</font></div><div><font size="2">    TEMPERATURE 300.0</font></div><div><font size="2">  &END MD</font></div><div><font size="2">&END MOTION</font></div></div><div style="font-size:small"><div>########## H2O-64.inp, from example file ##################</div><div style="font-size:13px"></div></div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small"><div>########## my input file,  the memory usage for <span>cp2k</span> is increased with time<b> </b>##################</div><div><div>########## the system is bulk water + one Cl ion                                           ##################</div><div><br></div></div><div style="font-size:13px"></div></div><div style="font-size:small"><br></div><div><div><font size="2">@SET SYSTEM Bulk</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">&GLOBAL</font></div><div><font size="2">  PROJECT ${SYSTEM}</font></div><div><font size="2">  RUN_TYPE MD             </font></div><div><font size="2">  PRINT_LEVEL low</font></div><div><font size="2">  EXTENDED_FFT_LENGTHS T</font></div><div><font size="2">&END GLOBAL</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">&FORCE_EVAL</font></div><div><font size="2">  ! the electronic structure part of CP2K is named Quickstep</font></div><div><font size="2">  METHOD Quickstep</font></div><div><font size="2">  STRESS_TENSOR ANALYTICAL</font></div><div><font size="2">  &DFT</font></div><div><font size="2">    ! basis sets and pseudopotential files can be found in cp2k/data</font></div><div><font size="2">    BASIS_SET_FILE_NAME     ./GTH_BASIS_SETS    </font></div><div><font size="2">    POTENTIAL_FILE_NAME     ./POTENTIAL </font></div><div><font size="2">    WFN_RESTART_FILE_NAME  ./${SYSTEM}-RESTART.wfn</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    ! Charge and multiplicity</font></div><div><font size="2">    CHARGE -1</font></div><div><font size="2">#     LSD </font></div><div><font size="2">#    MULTIPLICITY 1</font></div><div><font size="2">#     <span style="white-space:pre">     </span>Two times the total spin plus one. Specify 3 for a triplet, 4 for a quartet, and so on. </font></div><div><font size="2">#<span style="white-space:pre">        </span>Default is 1 (singlet) for an even number and 2 (doublet) for an odd number of electrons.</font></div><div><font size="2">#</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    &MGRID</font></div><div><font size="2">       ! PW cutoff ... depends on the element (basis) too small cutoffs lead to the eggbox effect.</font></div><div><font size="2">       ! certain calculations (e.g. geometry optimization, vibrational frequencies,</font></div><div><font size="2">       ! NPT and cell optimizations, need higher cutoffs)</font></div><div><font size="2">       CUTOFF [Ry] 500 </font></div><div><font size="2">       ##REL_CUTOFF [Ry] 50</font></div><div><font size="2">    &END</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    &QS</font></div><div><font size="2">       ! use the GPW method (i.e. pseudopotential based calculations with the Gaussian and Plane Waves scheme).</font></div><div><font size="2">       METHOD GPW </font></div><div><font size="2">       ! default threshold for numerics ~ roughly numerical accuracy of the total energy per electron,</font></div><div><font size="2">       ! sets reasonable values for all other thresholds.</font></div><div><font size="2">       EPS_DEFAULT 1.0E-10 </font></div><div><font size="2">       ! used for MD, the method used to generate the initial guess.</font></div><div><font size="2">       MAP_CONSISTENT TRUE</font></div><div><font size="2">       EXTRAPOLATION ASPC </font></div><div><font size="2">       EXTRAPOLATION_ORDER 4</font></div><div><font size="2">    &END</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    &POISSON</font></div><div><font size="2">       PERIODIC XYZ ! the default, gas phase systems should have 'NONE' and a wavelet solver</font></div><div><font size="2">    &END</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    &PRINT</font></div><div><font size="2">     ! output atomic charge</font></div><div><font size="2">     &MULLIKEN </font></div><div><font size="2">       FILENAME ${SYSTEM}</font></div><div><font size="2">       &EACH</font></div><div><font size="2"> <span style="white-space:pre">       </span> MD 10</font></div><div><font size="2">       &END EACH</font></div><div><font size="2">     &END MULLIKEN</font></div><div><font size="2">     ! output others </font></div><div><font size="2">    &END</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    ! use the OT METHOD for robust and efficient SCF, suitable for all non-metallic systems.</font></div><div><font size="2">    &SCF                              </font></div><div><font size="2">      SCF_GUESS RESTART #ATOMIC ! can be used to RESTART an interrupted calculation</font></div><div><font size="2">      MAX_SCF 1000</font></div><div><font size="2">      EPS_SCF 1.0E-7 #1.0E-7 ! accuracy of the SCF procedure typically 1.0E-6 - 1.0E-7</font></div><div><font size="2">      &OUTER_SCF ! repeat the inner SCF cycle 10 times</font></div><div><font size="2">        MAX_SCF 10</font></div><div><font size="2">        EPS_SCF 1.0E-7 #1.0E-7 ! must match the above</font></div><div><font size="2">      &END</font></div><div><font size="2">####### for OT #######</font></div><div><font size="2">      CHOLESKY OFF</font></div><div><font size="2">      &OT</font></div><div><font size="2">        #CHOLESKY OFF</font></div><div><font size="2">        ! an accurate preconditioner suitable also for larger systems</font></div><div><font size="2">        PRECONDITIONER FULL_ALL</font></div><div><font size="2">        ! the most robust choice (DIIS might sometimes be faster, but not as stable).</font></div><div><font size="2">        MINIMIZER DIIS ## CG</font></div><div><font size="2">        N_DIIS 5</font></div><div><font size="2"><span style="white-space:pre">     </span>ENERGY_GAP 1.0E-5</font></div><div><font size="2">      &END OT</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">###### for diagonalization #######</font></div><div><font size="2">#      ADDED_MOS 100</font></div><div><font size="2">#      CHOLESKY OFF #INVERSE</font></div><div><font size="2">#      &SMEAR ON</font></div><div><font size="2">#        METHOD FERMI_DIRAC</font></div><div><font size="2">#        ELECTRONIC_TEMPERATURE [K] 300</font></div><div><font size="2">#      &END SMEAR</font></div><div><font size="2">#      &DIAGONALIZATION</font></div><div><font size="2">#        ALGORITHM STANDARD</font></div><div><font size="2">#        EPS_ADAPT 0.01</font></div><div><font size="2">#      &END DIAGONALIZATION</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">      &MIXING</font></div><div><font size="2">        METHOD BROYDEN_MIXING</font></div><div><font size="2">        ALPHA 0.2</font></div><div><font size="2">        BETA 1.5</font></div><div><font size="2">        NBROYDEN 8</font></div><div><font size="2">      &END MIXING</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    &END SCF</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    ! specify the exchange and correlation treatment</font></div><div><font size="2">    &XC</font></div><div><font size="2">      ! use a PBE functional </font></div><div><font size="2">      &XC_FUNCTIONAL PBE    </font></div><div><font size="2">         &PBE</font></div><div><font size="2">           PARAMETRIZATION revPBE</font></div><div><font size="2">           #SCALE_C 0.0</font></div><div><font size="2">         &END PBE</font></div><div><font size="2">         &VWN</font></div><div><font size="2">         &END VWN</font></div><div><font size="2">      &END XC_FUNCTIONAL</font></div><div><font size="2">      ! adding Grimme's D3 correction (by default without C9 terms) </font></div><div><font size="2">      &VDW_POTENTIAL</font></div><div><font size="2">         POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL </font></div><div><font size="2">         &PAIR_POTENTIAL</font></div><div><font size="2">            TYPE DFTD3</font></div><div><font size="2">            #CALCULATE_C9_TERM T</font></div><div><font size="2">            #REFEREBCE_C9_TERM T</font></div><div><font size="2">            #LONG_RANGE_CORRECTION T</font></div><div><font size="2"><span style="white-space:pre">  </span>    PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat</font></div><div><font size="2">            REFERENCE_FUNCTIONAL revPBE</font></div><div><font size="2">            R_CUTOFF [angstrom] 11</font></div><div><font size="2">         &END</font></div><div><font size="2">      &END VDW_POTENTIAL</font></div><div><font size="2">    &END XC</font></div><div><font size="2">  &END DFT</font></div><div><font size="2"> </font></div><div><font size="2">  ! description of the system</font></div><div><font size="2">  &SUBSYS</font></div><div><font size="2">    &CELL </font></div><div><font size="2">      ! unit cells that are orthorhombic are more efficient with CP2K</font></div><div><font size="2">      ABC [angstrom] 12.42 12.42 12.42</font></div><div><font size="2">    &END CELL</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    ! atom coordinates can be in the &COORD section,</font></div><div><font size="2">    ! or provided as an external file.</font></div><div><font size="2">#    &TOPOLOGY</font></div><div><font size="2">#      COORD_FILE_NAME Na.xyz</font></div><div><font size="2">#      COORD_FILE_FORMAT XYZ</font></div><div><font size="2">#    &END</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    ! MOLOPT basis sets are fairly costly,</font></div><div><font size="2">    ! but in the 'DZVP-MOLOPT-SR-GTH' available for all elements</font></div><div><font size="2">    ! their contracted nature makes them suitable</font></div><div><font size="2">    ! for condensed and gas phase systems alike.</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    &KIND C</font></div><div><font size="2">      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH ## TZV2P-GTH </font></div><div><font size="2">      POTENTIAL GTH-PBE</font></div><div><font size="2">    &END KIND</font></div><div><font size="2">    &KIND O</font></div><div><font size="2">      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH ## TZV2P-GTH ###DZVP-GTH-PBE</font></div><div><font size="2">      POTENTIAL GTH-PBE-q6</font></div><div><font size="2">    &END KIND</font></div><div><font size="2">    &KIND H</font></div><div><font size="2">      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH ## TZV2P-GTH ##DZVP-GTH-PBE</font></div><div><font size="2">      POTENTIAL GTH-PBE-q1</font></div><div><font size="2">    &END KIND</font></div><div><font size="2">    &KIND Cl</font></div><div><font size="2">      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH ## TZV2P-GTH ##DZVP-GTH-PBE</font></div><div><font size="2">      POTENTIAL GTH-PBE-q7</font></div><div><font size="2">    &END KIND</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">  &END SUBSYS</font></div><div><font size="2">&END FORCE_EVAL</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">! how to propagate the system, selection via RUN_TYPE in the &GLOBAL section</font></div><div><font size="2">&MOTION</font></div><div><font size="2"> &MD</font></div><div><font size="2">   ENSEMBLE NVT  ! sampling the canonical ensemble, accurate properties might need NVE</font></div><div><font size="2">   TEMPERATURE [K] 330</font></div><div><font size="2">   TIMESTEP [fs] 0.5</font></div><div><font size="2">   STEPS 40000 # 20 ps </font></div><div><font size="2">#   COMVEL_TOL 0.00001</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">     &THERMOSTAT</font></div><div><font size="2">   #   REGION MOLECULE</font></div><div><font size="2">   #   REGION GLOBAL</font></div><div><font size="2">   #   REGION MASSIVE</font></div><div><font size="2">       TYPE NOSE</font></div><div><font size="2">       &NOSE</font></div><div><font size="2">         LENGTH  4 # CPMD</font></div><div><font size="2">         YOSHIDA 9 # 3 5 7 9 15 25 125#</font></div><div><font size="2">         TIMECON 100</font></div><div><font size="2">         MTS 2</font></div><div><font size="2">       &END NOSE</font></div><div><font size="2">    &END THERMOSTAT</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2"> &END MD</font></div><div><font size="2"># &CONSTRAINT</font></div><div><font size="2">#   &FIXED_ATOMS</font></div><div><font size="2">#     COMPONENTS_TO_FIX XYZ</font></div><div><font size="2">#     LIST 1..120</font></div><div><font size="2">#   &END FIXED_ATOMS</font></div><div><font size="2"># &END CONSTRAINT</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">  &PRINT</font></div><div><font size="2">    &TRAJECTORY</font></div><div><font size="2">      &EACH</font></div><div><font size="2">        MD 1</font></div><div><font size="2">      &END EACH</font></div><div><font size="2">      FORMAT XYZ</font></div><div><font size="2">    &END TRAJECTORY</font></div><div><font size="2">    &VELOCITIES</font></div><div><font size="2">      &EACH</font></div><div><font size="2">       MD 1</font></div><div><font size="2">      &END EACH</font></div><div><font size="2">      FORMAT XYZ</font></div><div><font size="2">    &END VELOCITIES</font></div><div><font size="2">    &FORCES</font></div><div><font size="2">      &EACH</font></div><div><font size="2">       MD 5</font></div><div><font size="2">      &END EACH</font></div><div><font size="2">    &END FORCES</font></div><div><font size="2">    &RESTART</font></div><div><font size="2">      &EACH</font></div><div><font size="2">        MD 20</font></div><div><font size="2">      &END</font></div><div><font size="2">    &END</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    &MIXED_ENERGIES</font></div><div><font size="2">     &EACH</font></div><div><font size="2">      MD 5</font></div><div><font size="2">     &END EACH</font></div><div><font size="2">    &END MIXED_ENERGIES</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">    </font></div><div><font size="2">    &CELL</font></div><div><font size="2">     &EACH</font></div><div><font size="2">      MD 1</font></div><div><font size="2">     &END EACH</font></div><div><font size="2">    &END CELL</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">   &STRESS</font></div><div><font size="2">   &EACH </font></div><div><font size="2">    MD 10</font></div><div><font size="2">   &END EACH</font></div><div><font size="2">   &END STRESS</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">   &RESTART_HISTORY</font></div><div><font size="2">     &EACH</font></div><div><font size="2">       MD 50</font></div><div><font size="2">     &END EACH</font></div><div><font size="2">   &END RESTART_HISTORY</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">  &END PRINT</font></div><div><font size="2">&END MOTION</font></div><div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">&EXT_RESTART</font></div><div><font size="2"> RESTART_FILE_NAME ./Bulk-1.restart</font></div><div><font size="2"> RESTART_POS</font></div><div><font size="2"> RESTART_VEL</font></div><div><font size="2"> RESTART_CELL</font></div><div><font size="2"> RESTART_CONSTRAINT F</font></div><div><font size="2">&END EXT_RESTART</font></div></div><div style="font-size:small"><div><div>########## my input file,  the memory usage for <span>cp2k</span> is increased with time<b> </b>##################</div><div style="font-size:13px"></div></div><div><br></div></div><div style="font-size:small"><br></div></div></div></blockquote></div></div>