<div dir="ltr"><div>Thank you very much for your reply, Travis.  <br></div><div><br></div><div>1. This is also what I thought--that I should be able to select particular atoms by name according to column 3.  This is what I'm doing in the RDF GUI ("name O," etc).  However, when I load the file into VMD, I notice that the atoms are not distinguished.  They're all the same color--so I assumed the types aren't being recognized--and the RDF also doesn't look right.  From what you're saying, the dummy variable are not a problem and I need to keep looking for a different explanation, so thanks for that advice.  The original .xyz file loads correctly into VMD. <br></div><div><br></div><div>2. Yes, the cell parameters and coordinates are outputted at the same frequency.  Again, thank you for confirming what should be going on.  I will need to keep looking for the reason this is happening.  <br></div><div><br></div><div>Appreciate your help a lot.  Thanks.<br></div></div>