<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>Your input structure is very compressed. It should expand and your final structure looks much more reasonable. The amount it is expanding by, I would actually suggest redoing the CELL_OPT from the final structure as your effective cutoff decreases when the cell volume increases. Coordinates are unwrapped intentionally in all calculations. You can impose PBC to wrap the coordinates using an external program. I recommend Atomic Simulation Environment,</div><div><br></div><div>Grab last image from foo-pos-1.xyz:<br></div><div>https://github.com/pollardtp/asepylot/blob/master/general/pos2xyz.py</div><div><br></div><div>Add cell parameters from command line args:<br></div><div>https://github.com/pollardtp/asepylot/blob/master/general/xyz2vasp.py</div><div><br></div><div>Generated structure is in POSCAR format, viewable with VESTA. Adapt to your suiting.</div><div class="subprettyprint"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"><br></span></div><div class="subprettyprint"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">Delete this bit, it's specific to my setup.<br></span><div style="background-color: rgb(250, 250, 250); border-color: rgb(187, 187, 187); border-style: solid; border-width: 1px; overflow-wrap: break-word;" class="prettyprint"><code class="prettyprint"><div class="subprettyprint"><span style="color: #008;" class="styled-by-prettify">from</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"> </span><span style="color: #008;" class="styled-by-prettify">require</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"> </span><span style="color: #008;" class="styled-by-prettify">import</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"> check_ase<br>check_ase</span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">()</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"><br></span></div></code></div><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"></span></div><div><br></div><div>-T<br></div><div><br></div><br>On Friday, October 25, 2019 at 5:46:21 AM UTC-3, Pierre-André Cazade wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>Dear CP2K users,</div><div><br></div><div>I am running a CELL_OPT on a 280 atoms unit cell. It was poorly resolved experimentally, yet I am surprised that some atoms wander out of the unit cell and are not wrapped back in. It is quite unexpected. According to the following topic: <a href="https://groups.google.com/forum/#!topic/cp2k/rqOO2W04OPc" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/forum/#!topic/cp2k/rqOO2W04OPc';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/forum/#!topic/cp2k/rqOO2W04OPc';return true;">https://groups.google.<wbr>com/forum/#!topic/cp2k/<wbr>rqOO2W04OPc</a> , CP2K does not wrap atoms, at least in MD mode. This is very strange. Is it intentional? Is it a bug? And does it affect in any kind of way calculations?</div><div><br></div><div>I am bothered by the optimized structure which shows a considerable increase of the "a" parameter. Again, I compared with VASP and the final structure with the latter is much more reasonable. I do not expect identical optimized structure but they should not drift so much away from each other. Could this lack of wrapping explain the divergence or it comes from inadequate SCF parameters?</div><div><br></div><div>I attached the input file and the final restart file.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Pierre</div></div></blockquote></div>