<div dir="ltr"><div>Travis, I used your code with my .cell file and trajectory (.xyz) files--thank you.  Would you happen to have time for a couple of follow-up questions on this?</div><div><br></div><div>1. It generated an output file like the one at the end of this message. When I read it into VMD, it seemed to show all atoms as identical (i.e., the atom types are not distinguished).  I'm guessing this has something to do with the first and second columns.  I can't find an example online of what they should be.  <br></div><div><br></div><div>2. Another problem is that the output file only contains about 300 time steps.  This may not be something you can help with, but I thought I would mention it just in case.  Thank you again very much.<br></div><div><br></div><div>TITLE<br>Gromos96 structure file written by ASE <br>END<br>POSITION<br>    1 DUM   Ar         1    0.271226802    1.105695742    0.687656962<br>    1 DUM   Ar         2    0.171226802    0.705695742    0.287656962<br>    1 DUM   Cl         3    0.987788274    0.553369424    0.340889882<br>    1 DUM   Cl         4    1.017388949    1.095946397    1.012254758<br>    1 DUM   O         5    0.171226802    1.056957424    0.287656962<br>    1 DUM   O         6    0.087788274   -0.053369424    0.040889882<br>    1 DUM   H         7    0.017388949    0.695946397   -0.212254758<br>    1 DUM   H         8   -0.809217934    0.646737810    0.262515118<br>   ...</div><div>   ...<br></div><div>END<br>BOX<br>    1.361050000    1.361050000    1.361050000    0.000000000    0.000000000    0.000000000    0.000000000    0.000000000    0.000000000<br>END</div></div>