<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>Compile the code with your preferred Fortran compiler,<br></div><div><div style="background-color: rgb(250, 250, 250); border-color: rgb(187, 187, 187); border-style: solid; border-width: 1px; overflow-wrap: break-word;" class="prettyprint"><code class="prettyprint"><div class="subprettyprint"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">gfortran dumpdcd</span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">.</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">f90</span></div></code></div></div><div><br></div><div>Run code on a host of DCD files you want to merge, these would be coming from a long simulation that you broke up into smaller segments,<br></div><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"></span><div><div style="background-color: rgb(250, 250, 250); border-color: rgb(187, 187, 187); border-style: solid; border-width: 1px; overflow-wrap: break-word;" class="prettyprint"><code class="prettyprint"><div class="subprettyprint"><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">./</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">a</span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">.</span><span style="color: #008;" class="styled-by-prettify">out</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"> </span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">-</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">xyz reference</span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">.</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">xyz </span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">-</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">pbc </span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">-</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">of dcd </span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">-</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">o full_foo_trajectory</span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">.</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">dcd foo1</span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">.</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">dcd foo2</span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">.</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">dcd foo3</span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">.</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">dcd </span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">...</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"> fooN</span><span style="color: #660;" class="styled-by-prettify">.</span><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">dcd<br></span></div></code></div></div><div><br></div><div>You need a reference XYZ format file for determining atom name as DCD only contains lattice parameters and coordinates. The -pbc flag says to produce a wrapped trajectory, while leaving it off produces the unwrapped trajectory.<br><br>To wrap an XYZ trajectory requires TRAVIS (https://www.travis-analyzer.de/). In one of the advanced options, you can read the second line for each frame of the XYZ file as the lattice parameters in Angstroms and degrees. I give a more detailed explanation of it here, https://groups.google.com/forum/#!topic/cp2k/GNLdTcUZFUo (for NPT). Alternatively, if you are comfortable with Python, you can use the Atomic Simulation Environment.</div><div><br></div><div>-T<br></div><br>On Tuesday, October 8, 2019 at 4:23:27 AM UTC-3, farzaneh sarrami wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Thanks Travis,<div><br></div><div>Would you please explain in more details how can I use dumpdcd.f90 script in cp2k ? as I have same problem.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Farzaneh</div><br>On Monday, October 7, 2019 at 5:01:01 PM UTC+2, Travis wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>CP2K dumps unwrapped coordinates, so they are not imaged back into the box if they drift beyond. A simple way to get a wrapped trajectory is to dump DCD files during MD, then use the dumpdcd.f90 script in tools/ to dump a wrapped DCD (-pbc option). I don't recommend writing XYZ format trajectories for MD. Write DCD and convert. Way easier to strip info than to add it back in.<br></div><div><br></div><div>-T</div><div><br></div><br>On Monday, October 7, 2019 at 8:09:09 AM UTC-3, Harender Singh wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear all, <br></div><div>I am running AIMD simulation of some electrolyte at Li electrode. While the electrolyte molecules are staying within the simulation cell, the electrode atoms are moving out of the cell. <br></div><div>Is there any possible explanation for that?</div><div>Is there something wrong with my simulation setup? If yes, then how can I correct it?</div><div><br></div><div>Thanks for the help in advance. <br></div></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>