<div dir="ltr">Thanks Travis,<div><br></div><div>Would you please explain in more details how can I use dumpdcd.f90 script in cp2k ? as I have same problem.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Farzaneh</div><br>On Monday, October 7, 2019 at 5:01:01 PM UTC+2, Travis wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>CP2K dumps unwrapped coordinates, so they are not imaged back into the box if they drift beyond. A simple way to get a wrapped trajectory is to dump DCD files during MD, then use the dumpdcd.f90 script in tools/ to dump a wrapped DCD (-pbc option). I don't recommend writing XYZ format trajectories for MD. Write DCD and convert. Way easier to strip info than to add it back in.<br></div><div><br></div><div>-T</div><div><br></div><br>On Monday, October 7, 2019 at 8:09:09 AM UTC-3, Harender Singh wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear all, <br></div><div>I am running AIMD simulation of some electrolyte at Li electrode. While the electrolyte molecules are staying within the simulation cell, the electrode atoms are moving out of the cell. <br></div><div>Is there any possible explanation for that?</div><div>Is there something wrong with my simulation setup? If yes, then how can I correct it?</div><div><br></div><div>Thanks for the help in advance. <br></div></div></blockquote></div></blockquote></div>