<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>You can run the calculation over each pair of atoms either by adding additional observations (see the prompt responses above) or just rerunning the input.txt file it dumps and editing the atom indices you want to get a rdf for. The code below specifies the atom types you want to compute a rdf for. When you have a list of atoms as molecules it will save each atom type in a list of X=1, 2, 3, 4, ..., N. It will tell you that 1='C', 2='O', etc. based on the order it first finds each type in your XYZ file. You pick from that list a reference molecule (the X in g(r) or X-Y) and then later pick the Y from the same list. This is equivalent to 'name X' 'name Y' in VMD.<br></div><div><br></div><div><div style="background-color: rgb(250, 250, 250); border-color: rgb(187, 187, 187); border-style: solid; border-width: 1px; overflow-wrap: break-word;" class="prettyprint"><code class="prettyprint"><div class="subprettyprint"><code><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify">rdf </span></span><span style="color:#800"><span style="color: #800;" class="styled-by-prettify"># choose rdf</span></span><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"><br>n </span></span><span style="color:#800"><span style="color: #800;" class="styled-by-prettify"># advanced options, you can explore this later</span></span><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"><br>X </span></span><span style="color:#800"><span style="color: #800;" class="styled-by-prettify"># where X is a number corresponding to the reference atom type</span></span><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"><br></span></span><span style="color:#066"><span style="color: #066;" class="styled-by-prettify">1</span></span><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"> </span></span><span style="color:#800"><span style="color: #800;" class="styled-by-prettify"># intermolecular</span></span><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"><br>Y </span></span><span style="color:#800"><span style="color: #800;" class="styled-by-prettify"># where Y is a number corresponding to the observed atom type</span></span><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"><br></span></span><span style="color:#066"><span style="color: #066;" class="styled-by-prettify">0</span></span><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"> </span></span><span style="color:#800"><span style="color: #800;" class="styled-by-prettify"># take reference atom from atom type X</span></span><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"><br></span></span><span style="color:#066"><span style="color: #066;" class="styled-by-prettify">1</span></span><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"> </span></span><span style="color:#800"><span style="color: #800;" class="styled-by-prettify"># take observed atom from atom type Y</span></span><span style="color:#000"><span style="color: #000;" class="styled-by-prettify"><br></span></span></code></div></code></div><br><br></div><br>On Tuesday, August 27, 2019 at 12:43:01 PM UTC-3, Ant wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Thank you very much, Travis, for all your time.  I'm sorry to impose.  <div><br></div><div>Unfortunately, if I understand you correctly, this won't work for me because I have multiple atom types in my system.  I have been experimenting with travis today and it seems like if I turn off molecule recognition, there's no way to differentiate between atom types 9I may be wrong).</div><div><br></div><div>The great thing about VMD for me is that I can calculate RDFs for (for example) "name H" "name H" and "name O" "name H" and "name O name O" and "name Si" "name O" (and so on) for every possible pair in my system, where the first atom in a pair is the one of interest (from which an RDF is calculated).  In travis, I have figured out how to switch off the molecules, but don't know how to define that I want RDFs for a particular pair pair.  I can't figure out exactly what is going on, but have a vague feeling that travis is calculating RDFs based on all of the atoms in the system, not the specific pairs I want.</div><div><br></div><div>It seems so odd that there isn't more available on how to deal with NPT RDFs in general.  I don't know if this is maybe something everyone just knows how to do.  Unfortunately, I don't have coworkers to ask and I hate troubling you.</div></div></blockquote></div>