<div dir="ltr">Update:<div><br></div><div>It would be great if someone could provide some guidance on how to use CP2K to plot RDFs for existing NPT simulations (where the cell volume/parameter varies at each timestep).  VMD accepts only a single volume value.</div><div><br></div><div>Travis, who commented earlier, has provided part of a solution (using REFTAJ to read a trajectory back into CP2K and, I think, to modify it so it can be read into VMD), but unfortunately, as a near-newbie, I don't know what the next step would be.  I know I would need to feed in the changing call parameters at each timestep from my *.cell files, but don't know how to do this and also don't know what I would need to do in VMD to get accurate RDFs from it (I'd still need to enter a volume value in the RDF GUI and don't know what that should be).  There doesn't appear to be any documentation on this online, but I suspect it must exist because I expect that other people must have wanted to plot NPT RDFs.  If anyone knows of any, I would be grateful to know where to find it.<br><div><br></div><div>Travis made a helpful suggestion about using the travis code.  I have run some examples, but it doesn't seem to do what I need it to.  I have run ab initio simulations and TRAVIS seems only to be able to calculate RDFs when all possible complexes are identified.  This would take a very long time for my system and for all of my simulations.  In fact I want RDFs and running coordination numbers in part to identify the chemical complexes.</div></div><div><br></div><div>If anyone has any hints at all, I would be willing to pay at this point for advice if anyone knows of anyone who deals with small jobs.  I understand from Travis that it is possible to create output for NPT simulations that is readable by NPT for making RDFs, but unfortunately, I can't rerun my simulations.  Thank you very much.</div></div>