<div dir="ltr">Thank you very much, Travis, for all your time.  I'm sorry to impose.  <div><br></div><div>Unfortunately, if I understand you correctly, this won't work for me because I have multiple atom types in my system.  I have been experimenting with travis today and it seems like if I turn off molecule recognition, there's no way to differentiate between atom types 9I may be wrong).</div><div><br></div><div>The great thing about VMD for me is that I can calculate RDFs for (for example) "name H" "name H" and "name O" "name H" and "name O name O" and "name Si" "name O" (and so on) for every possible pair in my system, where the first atom in a pair is the one of interest (from which an RDF is calculated).  In travis, I have figured out how to switch off the molecules, but don't know how to define that I want RDFs for a particular pair pair.  I can't figure out exactly what is going on, but have a vague feeling that travis is calculating RDFs based on all of the atoms in the system, not the specific pairs I want.</div><div><br></div><div>It seems so odd that there isn't more available on how to deal with NPT RDFs in general.  I don't know if this is maybe something everyone just knows how to do.  Unfortunately, I don't have coworkers to ask and I hate troubling you.</div></div>