<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>You need to use the logfile from your simulation to extract the box sizes at timesteps you dumped coordinates. You can then rerun your trajectory with CP2K (REFTRAJ ensemble) and convert it to DCD_ALIGNED_CELL format. This format stores positions and lattice parameters. You then load the XYZ file (for atom names) and DCD file into VMD. Now you can compute a RDF with variable box size. In the future, always dump coordinates from constant pressure simulations to DCD_ALIGNED_CELL. PDB format would work too.<br></div><div><br></div><div>-T<br></div><div><br></div><br>On Monday, August 26, 2019 at 8:18:32 AM UTC-3, Ant wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">I'd like to add, for anyone else who is checking in here, that I would be very interested to know what people think about simply using an average volume for an NPT RDF--if it is too sloppy or if it makes sense, at least until I figure out how to use distinct volumes at each time step.</div></blockquote></div>