<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>Cell file: https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/MD/REFTRAJ.html#CELL_FILE_NAME, you have to just test things if there's no examples.<br></div><div><br></div><div>When you run TRAVIS, you specify an XYZ file, then follow prompts. It can be run interactively. Enter advanced mode at the first prompt. If your comment line is "a b c alpha beta gamma" in Angstroms and degrees, then a few prompts later you can set it to read each comment line (viz., read NPT trajectory).<br></div><div><br></div><div>-T<br></div><div><br></div><div><br></div><br>On Monday, August 26, 2019 at 4:55:09 PM UTC-3, Ant wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi Travis:<div><br></div><div>Sorry for bothering again about this.  If you have time, I would be very grateful for some further guidance.</div><div><br></div><div>I have been looking into both of the solutions you proposed.  </div><div>1. I understand that REFTRAJ allows a trajectory to be read back into CP2K.  I found a simple example in slide #41 (third from last) of how to modify an input file here:</div><div>:</div><div><a href="https://www.cp2k.org/_media/events:2015_cecam_tutorial:hahn_mdensembles.pdf" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://www.google.com/url?q\x3dhttps%3A%2F%2Fwww.cp2k.org%2F_media%2Fevents%3A2015_cecam_tutorial%3Ahahn_mdensembles.pdf\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNEiTKDXqP2JXcvhN_aIWKSJn5ivyw';return true;" onclick="this.href='https://www.google.com/url?q\x3dhttps%3A%2F%2Fwww.cp2k.org%2F_media%2Fevents%3A2015_cecam_tutorial%3Ahahn_mdensembles.pdf\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNEiTKDXqP2JXcvhN_aIWKSJn5ivyw';return true;">https://www.cp2k.org/_media/<wbr>events:2015_cecam_tutorial:<wbr>hahn_mdensembles.pdf</a><br></div><div><br></div><div>However I have not been able to find any examples online of how to deal with reading a second file with cell parameters (which are in the CP2K *.cell output file).  I hate to trouble you again, but if you know of where I could read about how to do that, I would be very grateful.</div><div><br></div><div>2. I have compiled Travis, but have the same problem as with the first method.  There doesn't appear to be documentation on how to perform a task.  It sounds like you're familiar with Travis and if you have time to point me to any examples, that would be much appreciated.  I am comfortable with using sed if that's what is required to extract values from the CP2K .cell file, but I don't know how to set up the Travis task.  </div><div><br></div><div>Thank you again for your patience and helpful suggestions.  </div></div></blockquote></div>