<div dir="ltr"><div>In the following link ,https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/, you can find more about how to update automatically the box. I'd never used it before but i think you can use the command <tt>-stride.<br></tt></div><div><br></div><div><br></div>Il giorno lunedì 26 agosto 2019 11:52:16 UTC+2, Ant ha scritto:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">I'm quite new to molecular dynamics.  I'm struggling with how to deal with RDFs for CP2K NPT simulations where the volume is distinct at each time step.  If anyone could point me to online resources that discuss this or provide an opinion on my approach so far, I would be very grateful.  It has surprised me to find that there are very few mentions of this issue online, so maybe I'm not using appropriate search terms or there is a standard way of dealing with this that I'm not aware of.<div><br></div><div>I have several sets of NPT simulation results and have been postprocessing them in VMD.  As most of you probably know, VMD allows plotting of RDFs via Extensions/Analysis/Radial Pair Distribution Function g(r).  It is a GUI where only one volume value can be entered for a simulation.  </div><div><br></div><div>My approach so far has been to enter an average volume value for a simulation in the hope that the resulting RDF will be more or less accurate for a long enough simulation.  I feel uncomfortable about doing this, however,</div><div><br></div><div>It would be great to know if there's a way in VMD, maybe via the terminal, to import volume data and use the correct volume at each time step.  Or if there's another piece of software that works on Linux or Mac that works for this. Thank you.</div></div></blockquote></div>