<div dir="ltr"><div>1.)  How do you guys usually provide input parameters for classical force fields. All the examples use amber or charmm standard files, but I am struggling to find a simple programm to convert my data files in appropriate format. Is there any simple simple tool to do the same? I have considerable experience on LAMMPS and TopoTools, so I would prefer something similar to generate parameter and topology files.</div><div><br></div><div>2) currently I wrote a simple python script to convert my lammps file for a cp2k input file, and i contains sections in following way:</div><div>            &charges <br>                -0.4<br>                0.1<br>                0.1<br>                0.1<br>            &end charges<br>            &bond<br>                kind amber<br>                atoms C1 H11<br>                k 100.0<br>                r0 1.0<br>            &end bond<br></div><div>....</div><div>&nonbonded<br>&lennard-jones<br>    atoms C1 C1<br>    epsilon 119.8<br>    sigma 3.405<br>    rcut 8.4<br>&end lennard-jones<br>&lennard-jones<br>    atoms C1 H11<br>    epsilon 119.8<br> <br>&end lennard-jones</div><div>....</div><div></div><div>Goes on for 600 lines or so <br></div><div><br></div><div>doing so I can get energy values, so technically its not wrong, but I get several of such warnings:</div><div><br></div><div> *** WARNING in force_fields_all.F:3011 :: Multiple NONBONDED declaration: ***<br> *** H14 and H24 OVERWRITING!                                              ***<br><br>what does this mean?</div></div>