<div dir="ltr">Dear all<div>I am doing a GEO_OPT on a crystallographic structure of a MOF. It ran in to an error as:</div><div><br></div><div><br></div><div><div> *****************************<wbr>******************************<wbr>********************</div><div> *   ___                                                                       *</div><div> *  /   \  CP2K requires molecules to be contiguous and we have detected a non *</div><div> * [ABORT]    contiguous one!! In particular a molecule defined from index (   *</div><div> *  \___/  7) to (    22) contains other molecules, not connected! Too late at *</div><div> *    |      this stage everything should be already ordered! If you have not  *</div><div> *  O/|      yet employed the REORDERING keyword, please do so.It may help to  *</div><div> * /| |                               fix this issue.                          *</div><div> * / \                                            topology_generate_util.F:331 *</div><div> *****************************<wbr>******************************<wbr>********************</div></div><div><br></div><div>REORDERING keyword just results in missing about half of the atoms in cell. I've tried to delete this keyword and use KEEP_SYMMETRY by using CELL_OPT. but it stopped by the same error.</div><div>I am wondering what happened to the missing atoms!!</div><div>any comment?</div><p style="text-align:center;clear:both"><img src="cid:0.1" alt="Screenshot from 2019-05-21 12-17-49.png" width="319" height="320" style="margin-left:1em;margin-right:1em"></p><p style="text-align:center;clear:both"><img src="cid:0.2" alt="Screenshot from 2019-05-21 12-19-15.png" width="319" height="320" style="margin-left:1em;margin-right:1em"></p><div>Thanks </div></div>