<div dir="ltr"><div>As I mentioned previously, CP2K stumbles over your close contact. You would have to manually edit the generated PSF file to correct the issues. Alternatively, you can open your structure in a molecular editor and just drag the offending water away from the other water OR recreate your structure in Packmol with a cell that's about 1.2 - 1.5x the size you expect, then let it relax during MD with your force field. This is a very common strategy to cope with Packmol's tendency to generate close contacts between peripheral atoms, even with the distance constraints.<br></div><div><br></div><div>-T<br></div><br>On Tuesday, May 7, 2019 at 4:10:05 AM UTC-3, ni...@gmail.com wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi Travis,<div><br></div><div>Thanks for your reply. Indeed, I have attempted to generate the connectivity file (***.psf) by the CP2K.  I can successfully run the test input file (see the h2o-32-g3x3-mult.inp in tests). However, it seems to have some bugs (see attachment) in the CP2K when I modified the coordination values according to my case (other parameters is same as those in h2o-32-g3x3-mult.inp). Would you have any experiences about this?</div><div><br>在 2019年5月7日星期二 UTC+8上午1:04:59，Travis写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Append 'H2O' as the 5th column in the XYZ coordinates for waters. You can provide a connectivity file or allow CP2K to generate one, see <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/TOPOLOGY.html#list_CONN_FILE_FORMAT" rel="nofollow" target="_blank" onmousedown="this.href='https://www.google.com/url?q\x3dhttps%3A%2F%2Fmanual.cp2k.org%2Ftrunk%2FCP2K_INPUT%2FFORCE_EVAL%2FSUBSYS%2FTOPOLOGY.html%23list_CONN_FILE_FORMAT\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNEcxg3CNSALCLUjtXu23IVODhcKrQ';return true;" onclick="this.href='https://www.google.com/url?q\x3dhttps%3A%2F%2Fmanual.cp2k.org%2Ftrunk%2FCP2K_INPUT%2FFORCE_EVAL%2FSUBSYS%2FTOPOLOGY.html%23list_CONN_FILE_FORMAT\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNEcxg3CNSALCLUjtXu23IVODhcKrQ';return true;">https://manual.cp2k.org/trunk/<wbr>CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/<wbr>TOPOLOGY.html#list_CONN_FILE_<wbr>FORMAT</a>. You can then modify this file to define 'H2O'. The automatic generation will probably mess up on your close contact, so be sure to double check that. The bit below will function to hold the bonds constant but it needs to know what 'H2O' is in your model. Change the distances to reflect the water model you're using.<br></div><div><br></div><div style="background-color:rgb(250,250,250);border-color:rgb(187,187,187);border-style:solid;border-width:1px"><code><div><div><span style="color:#008"><within</span><span style="color:#000"> </span><span style="color:#606">CONSTRAINTS</span><span style="color:#008">></span><span style="color:#000"><br>    &G3X3</span></div><span style="color:#000">       DISTANCES [angstrom] 1.0 [angstrom] 1.0 [angstrom] 1.63298<br>      MOLNAME H2O<br>      ATOMS 1 2 3<br>    &END G3X3</span></div></code></div><br><br><br><br>On Monday, May 6, 2019 at 12:58:22 PM UTC-3, <a>ni...@gmail.com</a> wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div><div>I am running the MD using the FIST method for a cell including one CaF and 61 H2O. To avoid the decomposition of water molecule, I want to constraint the O-H bond of 61 water molecules using G3X3. However, it seems that there has some bugs in the input file. I have attached the input file. Would you please to have a look? Any points are welcome.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Ning</div></div></blockquote></div></blockquote></div></div></blockquote></div>