<div dir="ltr">Hi Travis,<div><br></div><div>Thanks for your reply. </div><div><br></div><div>You are right. I am running a MD by FIST method. However, there has some bugs in my input file. Would you have any <span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px; background-color: rgb(252, 252, 254);"> experience about this? Could you please read the question by the link: </span><font color="#000000" face="Arial, sans-serif"><span style="font-size: 14px;">https://groups.google.com/forum/#!topic/cp2k/KV9mjCYKNlM</span></font></div><div><font color="#000000" face="Arial, sans-serif"><span style="font-size: 14px;"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="Arial, sans-serif"><span style="font-size: 14px;">Best,</span></font></div><div><font color="#000000" face="Arial, sans-serif"><span style="font-size: 14px;"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="Arial, sans-serif"><span style="font-size: 14px;">Ning<br></span></font><br>在 2019年5月6日星期一 UTC+8下午11:47:47，Travis写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>Packmol generated structures often have close contacts when packed near the experimental density. You should at least relax the structure with a force field before treating with DFT.<br></div><div><br></div><div>-T</div><div><br></div><br>On Monday, May 6, 2019 at 12:40:20 AM UTC-3, <a>ni...@gmail.com</a> wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div><div>I am running the MD for the Ca2+ in 61 water molecules with 12.43 cubic cell using QS method. The initial model was structed by packmol software. However, I find that part of water molecule decomposes to form H2 and HO-OH viewed by the VMD (I also consider the PBC) after MD runing with few ps. Why does the water molecule decompose?</div><div><br></div><div>Best Wishes,</div><div><br></div><div>Ning</div></div></blockquote></div></blockquote></div></div>