<div dir="ltr"><div>Hello Patrick</div><div><br></div><div>I want make MD simulation with DFT method, i was used the follow script. If is a crystal an i want to use just one face to make more fast the calculation i want to fix the atoms where is no the surface and let the other make the simulation.  and then put other molecule in the surface.</div><div><br></div><div>In the initial process i have the alpha-alumina, with PBC condition, i was give a gap in the z axis to make the surface. that's work but is like a have a slab in the void interacting in both face +z and -z, I don't know if this is good calculation  <br></div><div><br></div><div>Just the program IT'S no running and I want to know if is possible this</div><div><br></div><div><br></div><div><span lang="en"><span title="">Regards</span><br><br><span title="">Christian Rodriguez</span></span></div><div><br></div><div><br></div><br>El jueves, 2 de mayo de 2019, 0:43:55 (UTC-5), Patrick Gono  escribió:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear Christian,<div><br></div><div>Could you provide us with your input file and your starting atomic configuration? If you already have a simulated trajectory, consider attaching it as well.</div><div><br></div><div>Could you also tell a bit more in detail where the calculation fails? Does it not converge? Do you suspect the resulting trajectory is unphysical? Why?</div><div><br></div><div>I assure you that CP2K is capable of running MD simulations of surfaces with small molecules. That's what I use it for, after all :)</div><div><br></div><div>Yours sincerely,</div><div>Patrick Gono</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, 1 May 2019 at 20:21, <<a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="KMJ_Czp7AAAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">ch...@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span lang="en"><span title="">Hello everyone</span><br><br><span title="">I am trying to do MD calculations with the DFT method on surfaces and an additional molecule on the surface, however I have not been able to do this calculation.</span> <span title="">I have also tried to fix some atoms, however, but I think that for the calculation of MD the atoms can not remain fixed.</span><br><br><span title="">If someone has an example or can help me, I would appreciate it.</span><br><br><span title="">regards</span><br><br><span title="">Christian Rodriguez</span></span></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="KMJ_Czp7AAAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.<wbr>com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="KMJ_Czp7AAAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">c...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;">https://groups.google.com/<wbr>group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;">https://groups.google.com/d/<wbr>optout</a>.<br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>