<div dir="ltr"><div>Packmol generated structures often have close contacts when packed near the experimental density. You should at least relax the structure with a force field before treating with DFT.<br></div><div><br></div><div>-T</div><div><br></div><br>On Monday, May 6, 2019 at 12:40:20 AM UTC-3, ni...@gmail.com wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div><div>I am running the MD for the Ca2+ in 61 water molecules with 12.43 cubic cell using QS method. The initial model was structed by packmol software. However, I find that part of water molecule decomposes to form H2 and HO-OH viewed by the VMD (I also consider the PBC) after MD runing with few ps. Why does the water molecule decompose?</div><div><br></div><div>Best Wishes,</div><div><br></div><div>Ning</div></div></blockquote></div>