<div dir="ltr"><div>Dear Sasawat,</div><div><br></div><div>I have looked at your input files, and ran some calculations of my own. My graphite seems to behave well, but I did not run the MD for a long time (see fiel attached). However, without the .xyz files you used for your simulations, I can not be sure where the problem is.</div><div><br></div><div>Regarding the input files, you may consider adopting an orbital transformation method (section &OT), as it generally performs faster than diagonalization. I had no convergence issues in my tests using CG minimizer, and DIIS may be even faster.</div><div><br></div><div>Next, and probably more important, you adopted quite a low value for the cutoff. Generally, one should aim at higher triple digits. 200 Ry might be too low for a reliable simulation result.</div><div><br></div><div>Finally, the 1x1x8 cell you use is very long and narrow. In the simulations without k-points, this might lead to some unphysical behaviour, as your simulation is not relaxed with respect to cell size. The 3x3x8 supercell seems more reasonable.</div><div><br></div><div>Regardless, I need to ask you for your .xyz structures in order to nail down the issue. If you have the computed MD trajectories, I'd like to see them as well, in order to know after how many steps I can expect to observe what you mentioned.<br></div><div><br></div><div>Yours sincerely,</div><div>Patrick Gono<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, 14 Apr 2019 at 22:01, <<a href="mailto:sjam...@eng.ucsd.edu">sjam...@eng.ucsd.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello cp2k users,<br><br>I am currently trying to run an MD simulation on 8 layers graphite to generate different snapshots at 300K. The simulation result showed layer separation and the carbon atoms were flying out from the unit cell as if it's vaporizing. So far I have done the calculation with PBE+DFTD3 correction, a 3x3 unit cell in xy with RevPBE and DFTD3 correction and calculation with kpoints. None have worked out to produce a desired vibrational motion. Any advice would be appreciated.<br><br>Best,<br>Sasawat<br></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">https://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</blockquote></div>