<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>CP2K adds the simulation time and timestep to the header. Use that info to make a script that identifies and deletes repeats in increments of (#atoms + 2). You can identify repeats with grep easily enough, grep " i = .* $frm\," where $frm is an increment over frames in a loop, i.e., for ((frm=0; frm<=$frames; frm+=$increment)). You can either delete repeated entries or rewrite your trajectory to skip repeated frames. Just be sure to keep a backup of your original trajectory just in case something goes wrong.<br></div><div><br></div><div>-T<br><br></div><div><br>On Wednesday, April 17, 2019 at 2:20:28 PM UTC-4, Raghav wrote:</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div><font size="4">Dear all,</font></div><div><font size="4"><br></font></div><div><font size="4">I'm running a <b>Metadynamics</b> simulation and I <b>restarted</b> my calculations many times, as a result I have a lot of <b>repeated</b> entries in my -<a onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Fpos-1.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNHDt7CsKeVnFOHZuhRT_3-eMiD3pQ';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Fpos-1.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNHDt7CsKeVnFOHZuhRT_3-eMiD3pQ';return true;" href="http://pos-1.xyz" target="_blank" rel="nofollow">pos-1.xyz</a> file.  For e.g steps 21 to 29 are repeated in the attached file as a result of restarting.<br></font></div><div><font size="4"><br></font></div><div><font size="4">I have to perform analysis on the trajectory but for that I need to remove the <b>repeated </b>entries. Does anyone know how to do this? <br></font></div><div><font size="4"><br></font></div><div><font size="4">My system is very large and the trajectory as well, hence doing this manually is a daunting task.<b><br></b></font></div><div><font size="4"><b><br></b></font></div><div><font size="4">Thanks and Regards,</font></div><div><font size="4">Raghav</font><b><br></b></div></div></blockquote></div>