<div dir="ltr"><div>I have done pre equilibration by using classical MD by using tip4p water model. <br></div><div>I've noticed that the input file requires the virtual site has its coordinates defined in the xyz/pdb file. However, most of the coordinate files I have for liquid water and the solid polymorphs of water contain coordinates for three sites (ie the two Hydrogens and the one Oxygen) only. Is it possible to generate the virtual site 'on the fly' in cp2k, or is there an easy way of generating four-site water structures?</div></div>