<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear Prof. Hutter</div><div><br></div><div> we come to conclusion to use only the primitive cell in CP2K.</div><div><br></div><div>I was of the view that CP2K might also do some probabilistic calculations 😆 so it requires both element. </div><div><br></div><div>Regards</div><div>Dr. Salman Naeem Khan</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Mar 6, 2019 at 2:20 PM <<a href="mailto:hut...@chem.uzh.ch">hut...@chem.uzh.ch</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi<br>
<br>
Yes, you are missing something. Please read up on the meaning of<br>
occupancy in the CIF file.<br>
For creating a functional XYZ file you need to start with an <br>
'undoped' crystal and then replace/delete atoms.<br>
<br>
regards<br>
<br>
Juerg Hutter<br>
--------------------------------------------------------------<br>
Juerg Hutter                         Phone : ++41 44 635 4491<br>
Institut für Chemie C                FAX   : ++41 44 635 6838<br>
Universität Zürich                   E-mail: <a href="mailto:hut...@chem.uzh.ch" target="_blank">hut...@chem.uzh.ch</a><br>
Winterthurerstrasse 190<br>
CH-8057 Zürich, Switzerland<br>
---------------------------------------------------------------<br>
<br>
-----<a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a> wrote: -----<br>
To: "cp2k" <<a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>><br>
From: "snkhan" <br>
Sent by: <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a><br>
Date: 03/05/2019 07:21PM<br>
Subject: [CP2K:11372] Crystal Structure Occupancy in CIF<br>
<br>
Dear CP2Ker<br>
<br>
I am simulation a ferrite by converting the Cif into XYZ using mercury. The number of dopant that replace the Fe is quantified in CIF by the term OCCUPANCY.  The equivalent XYZ file have the dopant and the Fe at the same location that does not make sense.<br>
<br>
Do i need to manually modify the XYZ file or i am missing something.<br>
<br>
Thanks  <br>
  -- <br>
 You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
 To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
 To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
 Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" rel="noreferrer" target="_blank">https://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
 For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" rel="noreferrer" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
<br>
<br>
-- <br>
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this topic, visit <a href="https://groups.google.com/d/topic/cp2k/MdfOYCZ2ZZQ/unsubscribe" rel="noreferrer" target="_blank">https://groups.google.com/d/topic/cp2k/MdfOYCZ2ZZQ/unsubscribe</a>.<br>
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" rel="noreferrer" target="_blank">https://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" rel="noreferrer" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</blockquote></div></div></div>