<div dir="ltr">Hello<div><br></div><div>I am new to this group and I am trying to obtain electron density differences using cube files (attached). I am using <font color="#000000" face="Menlo"><span style="font-size: 14px;">cubecruncher (on </span><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px;">macOS)</span><span style="font-size: 14px;">, where I do</span></font></div><div><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Menlo; font-size: 14px;"><br></span></div><div><p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">$ ./cubecruncher.x -i MoS2-1water1.cube -substract MoS2-1water1-slab.cube -o 1.cube</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> Reading from cube          MoS2-1water1.cube</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> Writing to   cube          1.cube</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">Reading cube ...  Done</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">   23.410000000000000        5.0000000000000001E-004   0.0000000000000000     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">  -11.704699999999999        20.268400000000000        0.0000000000000000     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">   0.0000000000000000        0.0000000000000000        11.005332000000001     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">   5221.9100357117386     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">Writing cube ...  Done</span></p></div><div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"><br></span></div><div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">and </span></div><div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"><br></span></div><div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"><p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">$ ./cubecruncher.x -i 1.cube -substract MoS2-1water1-water.cube -o 2.cube</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> Reading from cube          1.cube</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> Writing to   cube          2.cube</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">Reading cube ...  Done</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">   23.410000000000000        5.0000000000000001E-004   0.0000000000000000     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">  -11.704699999999999        20.268400000000000        0.0000000000000000     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">   0.0000000000000000        0.0000000000000000        11.005332000000001     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">   5221.9100357117386     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">Writing cube ...  Done</span></p><div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"><br></span></div><div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">However, the final file 2.cube does not seem to be correct. Moreover I found that if I do</span></div><div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"><br></span></div><div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"><p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> ./cubecruncher.x -i MoS2-1water1-water.cube -substract MoS2-1water1-water.cube -o test.cube</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> Reading from cube          MoS2-1water1-water.cube</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"> Writing to   cube          test.cube</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">Reading cube ...  Done</span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">   23.410000000000000        5.0000000000000001E-004   0.0000000000000000     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">  -11.704699999999999        20.268400000000000        0.0000000000000000     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">   0.0000000000000000        0.0000000000000000        1.3843440000000000     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">   656.85613359754439     </span></p>
<p style="font-stretch: normal; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(0, 0, 0);"><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">Writing cube ...  Done</span></p><div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures"><br></span></div><div><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures">the output cube (i.e., </span><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Menlo; font-size: 14px;">test.cube) is not a zero density file as expected by it seems similar to the original.</span></div><div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Menlo; font-size: 14px;"><br></span></div><div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Menlo; font-size: 14px;">Thank you,</span></div><div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Menlo; font-size: 14px;"><br></span></div><div><br></div><div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Menlo; font-size: 14px;">Nick</span></div><div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Menlo; font-size: 14px;"><br></span></div><div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Menlo; font-size: 14px;">cube files can be found here </span></div><div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Menlo; font-size: 14px;"><br></span></div><div>https://drive.google.com/file/d/1pikUv9RQKYc3w0E0W4iA4H5RLaaODYVn/view?usp=sharing<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Menlo; font-size: 14px;"><br></span></div><div>https://drive.google.com/file/d/11XzpX7ISZdZWtvCi1d1i8I1D0LtrW81l/view?usp=sharing<br></div><div>https://drive.google.com/file/d/1LjfoZreh6-stIi6Mk0YSUSKbKLa3v4ri/view?usp=sharing<br></div><div>https://drive.google.com/file/d/1euo52DFENdtQhuMco2jlLUAphSPJB5Jz/view?usp=sharing<br></div><div>https://drive.google.com/file/d/1UtaUJnyZZBmuAq_2FydezchX7h_FNtEt/view?usp=sharing<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></span></div></span></div></div>