<div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear Patrick,</div><div dir="ltr"><br></div><div>I have used VMD to analyze the trajectory file but I am not able to see the quantum effects such as proton transfer in CPK Representation but in DynamicBonds representation there is some sort of bond making and breaking. Can I consider DynamicBonds representation as quantum effects?  <br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Feb 8, 2019 at 4:37 PM Patrick Gono <<a href="mailto:patric...@gmail.com">patric...@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear Akshay,</div><div><br></div><div>I suggest VMD, which can be found at <a href="https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/" target="_blank">https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/</a></div><div><br></div><div>Yours sincerely</div><div>Patrick Gono<br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, 8 Feb 2019 at 05:35, Akshay Malik <<a href="mailto:akshayma...@gmail.com" target="_blank">akshayma...@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">I have done AIMD of liquid water by using cp2k. I want to see the bond breaking and proton transfer by grotthuss mechanism. Please suggest some visualisation softwares.  <br></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">https://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</blockquote></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">https://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</blockquote></div>