<div dir="ltr">Dear Raghav Saxena,<div><br></div><div>Did you run an equilibration MD before starting the metadynamics run?</div><div>If yes, did you check the density and the radial distribution function of the liquid water after equilibration?</div><div>Your DFT parameters are not very good. For instance, basis set, PW cutoff, and convergence criterion could be improved.</div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br><br>On Friday, January 4, 2019 at 11:43:23 AM UTC+1, Raghav wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>Dear all,</div><div><br></div><div>            I'm doing <b>full QM DFT</b> Meatdynamics simulation with <b>PBC</b>
 of liquid water and a Triphosphate molecule. During my 3ps simulation, 
the water molecules in the cubic box are contracting and forming a kind 
of droplet around the triphosphate molecule as can be seen in the 
attached images <b>initial.tga</b> and <b>final.tga</b>. I don't know 
why this is happening. I have attached my Input file and the snapshot of
 the first and last point of trajectory (initial.tga and final.tga 
respectively). It's clear from the snapshots how water goes from cubic 
configuration in initial.tga to a drop like configuration in final.tga, 
and because of this I have a lot of vacuum in my box.<br></div><div><br></div><div>Is
 it because of the collective variable which involves coordination 
number of phosphorus with all QM water oxygen's or It's something else? I
 have also attached my input file for reference.<br></div><div><br></div><div>I would really appreciate some help. Looking forward for a reply.</div><div><br></div><div>Thank's and Regards,</div><div>Raghav Saxena<br></div><div><br></div></div></blockquote></div></div>