<div dir="ltr"><div dir="ltr">dear all, <div>the code has been updated on github,</div><div><a href="https://github.com/funkymunkycool/Cube-Toolz">https://github.com/funkymunkycool/Cube-Toolz</a><br></div><div><div>You can integrate your cube file in 3 different ways with cube_tools ( Dr. Al-Moatasem El-Sayed):</div><div>The first is to integrate over the whole file. This is a nice test to start with, as you should get the number of electrons if you integrate over an electron density file. This is done via the following command:<br>python cube_tools.py -i 1 file.cube</div><div><br></div><div>The number you choose in this command doesn't matter. But this should work and should give you the integral of the whole cube file.</div><div><br></div><div>You can integrate a sphere of a particular radius around a certain atom. To do this, the command is:</div><div>python cube_tools.py -ia 13 4 file.cube<br><br>Here, the numbers do matter. The first number is the atom number. You can find this by using VMD for example or by finding it in the cube file. Remember that the numbering starts from zero, i.e. the first atom has id 0. The second number is the radius of a sphere. So this command would integrate a sphere of radius 4 Angstrom around atom number 13.</div><div><br></div><div>Finally, you can integrate a sphere of a particular radius around any arbitrary point. This is accomplished by:<br>python cube_tools.py -ir 4.3 3.2 2.6 4 file.cube</div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, Dec 19, 2018 at 10:05 AM cy16resch11004 via cp2k <<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear varesh,</div><div><br></div><div>i also tried with this code, but i am not able do intergrate of cube on particular atoms. do you have any suggestions?  <br></div><br>On Wednesday, December 19, 2018 at 1:09:09 AM UTC+5:30, Varesh wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear all,<div>would you plz advice me about density cube file integration?</div><div>I find some related code but it dosen't work for me!</div><div><a href="https://github.com/funkymunkycool/Cube-Toolz" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/funkymunkycool/Cube-Toolz</a><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr">Best Regards,<br>Fatemeh Khalili<br>PhD candidate <br>Department of Physics <br>Shahid Beheshti University</div></div></div></div></div>
</blockquote></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">https://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr">Best Regards,<br>Fatemeh Khalili<br>PhD candidate <br>Department of Physics <br>Shahid Beheshti University</div></div>