<div dir="ltr">Dear Tao,<div><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">I'm a new cp2k user that wants to use umbrella sampling to calculate PMF, with the following code something will be print in the </span><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; caret-color: rgb(33, 33, 33);">**.metadynLog. However, I am not sure what is the meaning and unit of the data, and how could it be used to calculate the energy? </span></div><div><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; caret-color: rgb(33, 33, 33);">Many thanks for your help.</span></div><div><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; caret-color: rgb(33, 33, 33);"><br></span></div><div><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; caret-color: rgb(33, 33, 33);">Wei</span></div><div><font color="#212121" face="sans-serif"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33);"><br></span></font></div><div><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; caret-color: rgb(33, 33, 33);">&FREE_ENERGY</span><br></div><div><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">  &METADYN</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">   DO_HILLS .FALSE.</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">     &METAVAR</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">       COLVAR 1</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">       SCALE 1.</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">   &END</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">  &PRINT</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">   &COLVAR</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">    COMMON_ITERATION_LEVELS 3</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">   &EACH</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">     MD 1</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">   &END</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;">  &END</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"> &END</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"> &END METADYN</span><br style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33); color: rgb(33, 33, 33); font-family: sans-serif; text-size-adjust: auto;"> &END FREE_ENERGY</span><font color="#212121" face="sans-serif"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33);"><br></span></font></div><div><font color="#212121" face="sans-serif"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33);"><br></span></font></div><div><font color="#212121" face="sans-serif"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33);"><br></span></font></div><div><font color="#212121" face="sans-serif"><span style="caret-color: rgb(33, 33, 33);"><br></span></font><br>在 2017年4月20日星期四 UTC+8下午10:56:03，Sun Tao写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear CP2K users/developers:<div><br></div><div>I have coded a new collective variable into CP2K, in order to do some umbrella sampling. I have implemented the calculation of the CV's value and its derivative. The value is already tested and gives correct results. However, I am wondering how to test the correctness of the derivative, since this is essential if I want to do umbrella sampling simulations.</div><div><br></div><div>If you have some experience in implementing CV's in CP2K, I would like to know how you tested the correctness of your implementation. I would appreciate if you could help me.</div><div><br></div><div>Thanks ~</div><div><br></div><div>Tao</div></div></blockquote></div></div>