<div dir="ltr">Hi Jaap,<div><br></div><div>Thanks for your response. I fixed all the other atoms and it worked but the problem now is that CP2K doesn't print the imaginary frequency. I'm sure the structure I input should at least have one but CP2K apparently is only printing the positive ones. I thought putting the RANGE keyword will take care of this but it didn't. I have pasted the relevant sections of my input and output files below.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mohammad<br></div><div><br></div><div><b>Input:</b></div><div><div><font color="#666666">&GLOBAL</font></div><div><font color="#666666"> PROJECT test</font></div><div><font color="#666666"> RUN_TYPE NORMAL_MODES</font></div><div><font color="#666666"> PRINT_LEVEL MEDIUM</font></div><div><font color="#666666">&END GLOBAL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&MOTION</font></div><div><font color="#666666"> &CONSTRAINT</font></div><div><font color="#666666">  &FIXED_ATOMS</font></div><div><font color="#666666">   COMPONENTS_TO_FIX XYZ</font></div><div><font color="#666666">   LIST 1..7</font></div><div><font color="#666666">   LIST 9..515</font></div><div><font color="#666666">   LIST 517..521</font></div><div><font color="#666666">   LIST 523..539</font></div><div><font color="#666666">   LIST 541..545</font></div><div><font color="#666666">   LIST 547..553</font></div><div><font color="#666666">  &END FIXED_ATOMS</font></div><div><font color="#666666"> &END CONSTRAINT</font></div><div><font color="#666666">&END MOTION</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&VIBRATIONAL_ANALYSIS</font></div><div><font color="#666666"> NPROC_REP 24</font></div><div><font color="#666666"> &MODE_SELECTIVE</font></div><div><font color="#666666">  ATOMS 8 516 522 540 546 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576</font></div><div><font color="#666666">  FREQUENCY -500</font></div><div><font color="#666666">  RANGE -500 100</font></div><div><font color="#666666">  &INVOLVED_ATOMS </font></div><div><font color="#666666">  INVOLVED_ATOMS 8 516 522 540 546 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576</font></div><div><font color="#666666">   RANGE -500 100</font></div><div><font color="#666666">  &END INVOLVED_ATOMS</font></div><div><font color="#666666"> &END MODE_SELECTIVE</font></div><div><font color="#666666"> &PRINT</font></div><div><font color="#666666">  &MOLDEN_VIB</font></div><div><font color="#666666">   FILENAME test</font></div><div><font color="#666666">  &END MOLDEN_VIB</font></div><div><font color="#666666"> &END PRINT</font></div><div><font color="#666666">&END VIBRATIONAL_ANALYSIS</font></div></div><div><br></div><div><b>Output:</b></div><div><div><font color="#666666"> REPLICA| layout of the replica grid, number of groups             1</font></div><div><font color="#666666"> REPLICA| layout of the replica grid, size of each group            16</font></div><div><font color="#666666"> REPLICA| MPI process to grid (group,rank) correspondence:</font></div><div><font color="#666666"> (  0 :   0,  0)  (  1 :   0,  1)  (  2 :   0,  2)  (  3 :   0,  3)</font></div><div><font color="#666666"> (  4 :   0,  4)  (  5 :   0,  5)  (  6 :   0,  6)  (  7 :   0,  7)</font></div><div><font color="#666666"> (  8 :   0,  8)  (  9 :   0,  9)  (  10 :   0,  10)  (  11 :   0,  11)</font></div><div><font color="#666666"> (  12 :   0,  12)  (  13 :   0,  13)  (  14 :   0,  14)  (  15 :   0,  15)</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP     1</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE   1067.402517cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP     2</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE    629.589298cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP     3</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE    516.249401cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP     4</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE    297.969319cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP     5</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE    274.303122cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP     6</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE    197.889363cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP     7</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE    177.282435cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP     8</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE    150.074885cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP     9</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE    125.450225cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP    10</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE    98.399232cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP    11</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE    81.644671cm-1  NOT  CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| DAVIDSON ALGORITHM CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED FREQUENCY (1) IS:  11.618812  cm-1</font></div><div><font color="#666666"> -------------------------------------------------------------------------------</font></div><div><font color="#666666">             FREQUENCY AND CONVERGENCE LIST</font></div><div><font color="#666666">    FREQUENCY   MAXVAL CRITERIA   NORM CRITERIA   CONVERGENCE</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  451.221   0.127135E-05     0.451E-05      NO</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  826.941   0.177668E-05     0.712E-05      NO</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  1192.902   0.287789E-05     0.102E-04      NO</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  1405.678   0.172961E-05     0.694E-05      NO</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  1585.591   0.153388E-05     0.545E-05      NO</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  3001.268   0.126841E-05     0.450E-05      NO</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  3082.088   0.826133E-06     0.293E-05      NO</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  3131.784   0.131471E-05     0.467E-05      NO</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  3553.575   0.370080E-07     0.148E-06      YES</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  3706.396   0.161133E-07     0.646E-07      YES</font></div><div><font color="#666666"> VIB|  3776.399   0.240125E-07     0.963E-07      YES</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666"> -------------------------------------------------------------------------------</font></div><div><font color="#666666"> -                                       -</font></div><div><font color="#666666"> -                 DBCSR STATISTICS               -</font></div><div><font color="#666666"> -                                       -</font></div><div><font color="#666666"> -------------------------------------------------------------------------------</font></div></div><div><br></div><div><br></div><div><br>On Monday, 29 October 2018 02:47:42 UTC-7, Jaap Louwen wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi Mohammad,<div><br></div><div>I have no experience with mode selective calculations, but if you just want to compute a partial Hessian over atoms directly involved in the TS, fixing all other atoms will work for you.</div><div>Your vibrational analysis namelist will just read something like:</div><div><br></div><div><div>&VIBRATIONAL_ANALYSIS</div><div> NPROC_REP 28</div><div> FULLY_PERIODIC</div><div>&END VIBRATIONAL_ANALYSIS</div></div><div><br></div><div>while within the &Motion namelist you include a constraint section like:</div><div><div>  &CONSTRAINT</div><div>   &FIXED_ATOMS</div><div>    COMPONENTS_TO_FIX XYZ</div><div>    LIST 1..12</div><div>    LIST 14..24</div><div>    LIST 26..65</div><div>    LIST 67..144</div><div>   &END FIXED_ATOMS</div><div>  &END CONSTRAINT</div></div><div><br></div><div>CP2K will simply skip the fixed atoms.</div><div><br></div><div>Regards, Jaap</div><div><br></div><div><br><br>Op zaterdag 27 oktober 2018 19:59:25 UTC+2 schreef Mohammad Momeni Taheri:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, I have problems in computing normal modes for a structure that I got from NEB calculations. My smallest system has 476 atoms and therefore I cannot perform a full numerical frequency calculations. However, when I use the inout below it seems that CP2K still tries to diagonalize the entire hessian matrix (the job fails after 48hrs; output file is attached). Is my input correct if not could you please provide a sample input file for these calculations?<div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Mohammad</div><div><br></div><div><br></div><div>Below is my input file:</div><div><br></div><div><div><font color="#666666">&GLOBAL</font></div><div><font color="#666666"> PROJECT test</font></div><div><font color="#666666"> RUN_TYPE NORMAL_MODES</font></div><div><font color="#666666"> PRINT_LEVEL MEDIUM</font></div><div><font color="#666666">&END GLOBAL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&VIBRATIONAL_ANALYSIS</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>NPROC_REP 28</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>FULLY_PERIODIC TRUE</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>&MODE_SELECTIVE</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>ATOMS 450 451 452 446 468 434 445 413 398 99 447 448 449 457 453 454 455 456 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>LOWEST_FREQUENCY -500</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>RANGE -500 100</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>&INVOLVED_ATOMS </font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>INVOLVED_ATOMS 450 451 452 446 468 434 445 413 398 99 447 448 449 457 453 454 455 456 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>RANGE -500 100</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>&END INVOLVED_ATOMS</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre"> </span>&END MODE_SELECTIVE</font></div><div><font color="#666666">&END VIBRATIONAL_ANALYSIS</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&FORCE_EVAL</font></div><div><font color="#666666"> METHOD Quickstep</font></div><div><font color="#666666"> &SUBSYS</font></div><div><font color="#666666">  &KIND Zr</font></div><div><font color="#666666">   ELEMENT  Zr</font></div><div><font color="#666666">   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</font></div><div><font color="#666666">   POTENTIAL GTH-PBE-q12</font></div><div><font color="#666666">  &END</font></div><div><font color="#666666">  &KIND C</font></div><div><font color="#666666">   ELEMENT C</font></div><div><font color="#666666">   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">   POTENTIAL GTH-PBE-q4</font></div><div><font color="#666666">  &END </font></div><div><font color="#666666">  &KIND O</font></div><div><font color="#666666">   ELEMENT O</font></div><div><font color="#666666">   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">   POTENTIAL GTH-PBE-q6</font></div><div><font color="#666666">  &END </font></div><div><font color="#666666">  &KIND H</font></div><div><font color="#666666">   ELEMENT H</font></div><div><font color="#666666">   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">   POTENTIAL GTH-PBE-q1</font></div><div><font color="#666666">  &END </font></div><div><font color="#666666">  &KIND F</font></div><div><font color="#666666">   ELEMENT F</font></div><div><font color="#666666">   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">   POTENTIAL GTH-PBE-q7</font></div><div><font color="#666666">  &END KIND</font></div><div><font color="#666666">  &KIND P</font></div><div><font color="#666666">   ELEMENT P</font></div><div><font color="#666666">   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">   POTENTIAL GTH-PBE-q5</font></div><div><font color="#666666">  &END KIND</font></div><div><font color="#666666">  &CELL</font></div><div><font color="#666666"> A [angstrom]         23.34964320   0.00000000   0.00000000</font></div><div><font color="#666666"> B [angstrom]        -11.67970624  20.19999013   0.00000000</font></div><div><font color="#666666"> C [angstrom]         -0.24143113   0.14997040  51.67634031</font></div><div><font color="#666666">  PERIODIC XYZ</font></div><div><font color="#666666">  &END CELL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&TOPOLOGY           ! Section used to center the atomic coordinates in the given box. Useful for big molecules</font></div><div><font color="#666666">&CENTER_COORDINATES</font></div><div><font color="#666666">&END</font></div><div><font color="#666666">COORD_FILE_FORMAT xyz</font></div><div><font color="#666666">COORD_FILE_NAME  ./<a href="http://test.xyz" rel="nofollow" target="_blank" onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Ftest.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNG1uRc_UOU1zJAVL3FsD95f2euxRQ';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Ftest.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNG1uRc_UOU1zJAVL3FsD95f2euxRQ';return true;">test.xyz</a></font></div><div><font color="#666666">&END</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666"> &END SUBSYS</font></div><div><font color="#666666"> &DFT</font></div><div><font color="#666666">  BASIS_SET_FILE_NAME  /opt/packages/CP2K/cp2k-5.1/<wbr>data/BASIS_MOLOPT</font></div><div><font color="#666666">  POTENTIAL_FILE_NAME  /opt/packages/CP2K/cp2k-5.1/<wbr>data/POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">  &POISSON</font></div><div><font color="#666666">   PERIODIC XYZ</font></div><div><font color="#666666">  &END POISSON</font></div><div><font color="#666666">   </font></div><div><font color="#666666">  &QS</font></div><div><font color="#666666">   EPS_DEFAULT 1.0E-12</font></div><div><font color="#666666">  &END QS</font></div><div><font color="#666666"> &XC</font></div><div><font color="#666666"> &XC_FUNCTIONAL PBE</font></div><div><font color="#666666"> &END XC_FUNCTIONAL</font></div><div><font color="#666666">   &vdW_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">     DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">     &PAIR_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">      TYPE DFTD3(BJ)</font></div><div><font color="#666666">      CALCULATE_C9_TERM .TRUE.</font></div><div><font color="#666666">      REFERENCE_C9_TERM .TRUE.</font></div><div><font color="#666666">      LONG_RANGE_CORRECTION .TRUE.</font></div><div><font color="#666666">      PARAMETER_FILE_NAME ./dftd3.dat</font></div><div><font color="#666666">      REFERENCE_FUNCTIONAL PBE</font></div><div><font color="#666666">      R_CUTOFF 15</font></div><div><font color="#666666">  &END PAIR_POTENTIAL </font></div><div><font color="#666666">   &END vdW_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">  &END XC</font></div><div><font color="#666666"> &SCF</font></div><div><font color="#666666">   SCF_GUESS ATOMIC</font></div><div><font color="#666666">   EPS_SCF 1.0E-6</font></div><div><font color="#666666">   MAX_SCF 500</font></div><div><font color="#666666">   &OT</font></div><div><font color="#666666">   MINIMIZER CG</font></div><div><font color="#666666">   PRECONDITIONER FULL_ALL</font></div><div><font color="#666666">   ENERGY_GAP 0.001</font></div><div><font color="#666666">   &END OT</font></div><div><font color="#666666">  &END SCF</font></div><div><font color="#666666"> &END DFT</font></div><div><font color="#666666"> &END</font></div></div><div><br></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div>