<div dir="ltr">Hi Jaap,<div><br></div><div>Thanks for your response. I fixed all the other atoms and it worked but the problem now is that CP2K doesn't print the imaginary frequency. I'm sure the structure I input should at least have one but CP2K apparently is only printing the positive ones. I thought putting the RANGE keyword will take care of this but it didn't. I have pasted the relevant sections of my input and output files below.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mohammad<br></div><div><br></div><div><b>Input:</b></div><div><div><font color="#666666">&GLOBAL</font></div><div><font color="#666666">  PROJECT test</font></div><div><font color="#666666">  RUN_TYPE NORMAL_MODES</font></div><div><font color="#666666">  PRINT_LEVEL MEDIUM</font></div><div><font color="#666666">&END GLOBAL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&MOTION</font></div><div><font color="#666666">  &CONSTRAINT</font></div><div><font color="#666666">  Â  &FIXED_ATOMS</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  COMPONENTS_TO_FIX XYZ</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  LIST 1..7</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  LIST 9..515</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  LIST 517..521</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  LIST 523..539</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  LIST 541..545</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  LIST 547..553</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END FIXED_ATOMS</font></div><div><font color="#666666">  &END CONSTRAINT</font></div><div><font color="#666666">&END MOTION</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&VIBRATIONAL_ANALYSIS</font></div><div><font color="#666666">  NPROC_REP 24</font></div><div><font color="#666666">  &MODE_SELECTIVE</font></div><div><font color="#666666">  Â  ATOMS 8 516 522 540 546 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576</font></div><div><font color="#666666">  Â  FREQUENCY -500</font></div><div><font color="#666666">  Â  RANGE -500 100</font></div><div><font color="#666666">  Â  &INVOLVED_ATOMS </font></div><div><font color="#666666">  Â  INVOLVED_ATOMS 8 516 522 540 546 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  RANGE -500 100</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END INVOLVED_ATOMS</font></div><div><font color="#666666">  &END MODE_SELECTIVE</font></div><div><font color="#666666">  &PRINT</font></div><div><font color="#666666">  Â  &MOLDEN_VIB</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  FILENAME test</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END MOLDEN_VIB</font></div><div><font color="#666666">  &END PRINT</font></div><div><font color="#666666">&END VIBRATIONAL_ANALYSIS</font></div></div><div><br></div><div><b>Output:</b></div><div><div><font color="#666666"> REPLICA| layout of the replica grid, number of groups Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  1</font></div><div><font color="#666666"> REPLICA| layout of the replica grid, size of each group Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 16</font></div><div><font color="#666666"> REPLICA| MPI process to grid (group,rank) correspondence:</font></div><div><font color="#666666">  ( Â  0 : Â  Â 0, Â  0) Â ( Â  1 : Â  Â 0, Â  1) Â ( Â  2 : Â  Â 0, Â  2) Â ( Â  3 : Â  Â 0, Â  3)</font></div><div><font color="#666666">  ( Â  4 : Â  Â 0, Â  4) Â ( Â  5 : Â  Â 0, Â  5) Â ( Â  6 : Â  Â 0, Â  6) Â ( Â  7 : Â  Â 0, Â  7)</font></div><div><font color="#666666">  ( Â  8 : Â  Â 0, Â  8) Â ( Â  9 : Â  Â 0, Â  9) Â ( Â 10 : Â  Â 0, Â 10) Â ( Â 11 : Â  Â 0, Â 11)</font></div><div><font color="#666666">  ( Â 12 : Â  Â 0, Â 12) Â ( Â 13 : Â  Â 0, Â 13) Â ( Â 14 : Â  Â 0, Â 14) Â ( Â 15 : Â  Â 0, Â 15)</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  Â 1</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  1067.402517cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  Â 2</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  Â 629.589298cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  Â 3</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  Â 516.249401cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  Â 4</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  Â 297.969319cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  Â 5</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  Â 274.303122cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  Â 6</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  Â 197.889363cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  Â 7</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  Â 177.282435cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  Â 8</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  Â 150.074885cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  Â 9</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  Â 125.450225cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  10</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  Â  98.399232cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| ITERATION STEP Â  Â  Â  11</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED MODE Â  Â  Â  81.644671cm-1 Â NOT Â CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| DAVIDSON ALGORITHM CONVERGED</font></div><div><font color="#666666"> MS| TRACKED FREQUENCY (1) IS: Â  11.618812 Â  cm-1</font></div><div><font color="#666666"> -------------------------------------------------------------------------------</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â FREQUENCY AND CONVERGENCE LIST</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â FREQUENCY Â  Â MAXVAL CRITERIA Â  Â NORM CRITERIA Â  Â CONVERGENCE</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â  451.221 Â  Â  0.127135E-05 Â  Â  Â  Â 0.451E-05 Â  Â  Â  Â  Â  NO</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â  826.941 Â  Â  0.177668E-05 Â  Â  Â  Â 0.712E-05 Â  Â  Â  Â  Â  NO</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â 1192.902 Â  Â  0.287789E-05 Â  Â  Â  Â 0.102E-04 Â  Â  Â  Â  Â  NO</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â 1405.678 Â  Â  0.172961E-05 Â  Â  Â  Â 0.694E-05 Â  Â  Â  Â  Â  NO</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â 1585.591 Â  Â  0.153388E-05 Â  Â  Â  Â 0.545E-05 Â  Â  Â  Â  Â  NO</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â 3001.268 Â  Â  0.126841E-05 Â  Â  Â  Â 0.450E-05 Â  Â  Â  Â  Â  NO</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â 3082.088 Â  Â  0.826133E-06 Â  Â  Â  Â 0.293E-05 Â  Â  Â  Â  Â  NO</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â 3131.784 Â  Â  0.131471E-05 Â  Â  Â  Â 0.467E-05 Â  Â  Â  Â  Â  NO</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â 3553.575 Â  Â  0.370080E-07 Â  Â  Â  Â 0.148E-06 Â  Â  Â  Â  Â  YES</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â 3706.396 Â  Â  0.161133E-07 Â  Â  Â  Â 0.646E-07 Â  Â  Â  Â  Â  YES</font></div><div><font color="#666666">  VIB| Â 3776.399 Â  Â  0.240125E-07 Â  Â  Â  Â 0.963E-07 Â  Â  Â  Â  Â  YES</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666"> -------------------------------------------------------------------------------</font></div><div><font color="#666666"> - Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  -</font></div><div><font color="#666666"> - Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â DBCSR STATISTICS Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  -</font></div><div><font color="#666666"> - Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  -</font></div><div><font color="#666666"> -------------------------------------------------------------------------------</font></div></div><div><br></div><div><br></div><div><br>On Monday, 29 October 2018 02:47:42 UTC-7, Jaap Louwen  wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi Mohammad,<div><br></div><div>I have no experience with mode selective calculations, but if you just want to compute a partial Hessian over atoms directly involved in the TS, fixing all other atoms will work for you.</div><div>Your vibrational analysis namelist will just read something like:</div><div><br></div><div><div>&VIBRATIONAL_ANALYSIS</div><div>  NPROC_REP 28</div><div>  FULLY_PERIODIC</div><div>&END VIBRATIONAL_ANALYSIS</div></div><div><br></div><div>while within the &Motion namelist you include a constraint section like:</div><div><div>  Â &CONSTRAINT</div><div>  Â  Â  &FIXED_ATOMS</div><div>  Â  Â  Â  COMPONENTS_TO_FIX XYZ</div><div>  Â  Â  Â  LIST  1..12</div><div>  Â  Â  Â  LIST  14..24</div><div>  Â  Â  Â  LIST  26..65</div><div>  Â  Â  Â  LIST  67..144</div><div>  Â  Â  &END FIXED_ATOMS</div><div>  Â &END CONSTRAINT</div></div><div><br></div><div>CP2K will simply skip the fixed atoms.</div><div><br></div><div>Regards, Jaap</div><div><br></div><div><br><br>Op zaterdag 27 oktober 2018 19:59:25 UTC+2 schreef Mohammad Momeni Taheri:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, I have problems in computing normal modes for a structure that I got from NEB calculations. My smallest system has 476 atoms and therefore I cannot perform a full numerical frequency calculations. However, when I use the inout below it seems that CP2K still tries to diagonalize the entire hessian matrix (the job fails after 48hrs; output file is attached). Is my input correct if not could you please provide a sample input file for these calculations?<div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Mohammad</div><div><br></div><div><br></div><div>Below is my input file:</div><div><br></div><div><div><font color="#666666">&GLOBAL</font></div><div><font color="#666666">  PROJECT test</font></div><div><font color="#666666">  RUN_TYPE NORMAL_MODES</font></div><div><font color="#666666">  PRINT_LEVEL MEDIUM</font></div><div><font color="#666666">&END GLOBAL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&VIBRATIONAL_ANALYSIS</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">    </span>NPROC_REP 28</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">       </span>FULLY_PERIODIC TRUE</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">        </span>&MODE_SELECTIVE</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">        </span>ATOMS 450 451 452 446 468 434 445 413 398 99 447 448 449 457 453 454 455 456 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">       </span>LOWEST_FREQUENCY -500</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">      </span>RANGE -500 100</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">     </span>&INVOLVED_ATOMS </font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">      </span>INVOLVED_ATOMS 450 451 452 446 468 434 445 413 398 99 447 448 449 457 453 454 455 456 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">      </span>RANGE -500 100</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">     </span>&END INVOLVED_ATOMS</font></div><div><font color="#666666"><span style="white-space:pre">    </span>&END MODE_SELECTIVE</font></div><div><font color="#666666">&END VIBRATIONAL_ANALYSIS</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&FORCE_EVAL</font></div><div><font color="#666666">  METHOD Quickstep</font></div><div><font color="#666666">  &SUBSYS</font></div><div><font color="#666666">  Â  &KIND Zr</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  ELEMENT Â  Zr</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  POTENTIAL GTH-PBE-q12</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END</font></div><div><font color="#666666">  Â  &KIND C</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  ELEMENT C</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  POTENTIAL GTH-PBE-q4</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END </font></div><div><font color="#666666">  Â  &KIND O</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  ELEMENT O</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  POTENTIAL GTH-PBE-q6</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END </font></div><div><font color="#666666">  Â  &KIND H</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  ELEMENT H</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  POTENTIAL GTH-PBE-q1</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END </font></div><div><font color="#666666">  Â  &KIND F</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  ELEMENT F</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  POTENTIAL GTH-PBE-q7</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END KIND</font></div><div><font color="#666666">  Â  &KIND P</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  ELEMENT P</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  POTENTIAL GTH-PBE-q5</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END KIND</font></div><div><font color="#666666">  Â  &CELL</font></div><div><font color="#666666"> A [angstrom] Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 23.34964320 Â  Â 0.00000000 Â  Â 0.00000000</font></div><div><font color="#666666"> B [angstrom] Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  -11.67970624 Â  20.19999013 Â  Â 0.00000000</font></div><div><font color="#666666"> C [angstrom] Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â -0.24143113 Â  Â 0.14997040 Â  51.67634031</font></div><div><font color="#666666">  Â PERIODIC XYZ</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END CELL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&TOPOLOGY Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ! Section used to center the atomic coordinates in the given box. Useful for big molecules</font></div><div><font color="#666666">&CENTER_COORDINATES</font></div><div><font color="#666666">&END</font></div><div><font color="#666666">COORD_FILE_FORMAT xyz</font></div><div><font color="#666666">COORD_FILE_NAME Â ./<a href="http://test.xyz" rel="nofollow" target="_blank" onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Ftest.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNG1uRc_UOU1zJAVL3FsD95f2euxRQ';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Ftest.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNG1uRc_UOU1zJAVL3FsD95f2euxRQ';return true;">test.xyz</a></font></div><div><font color="#666666">&END</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">  &END SUBSYS</font></div><div><font color="#666666">  &DFT</font></div><div><font color="#666666">  Â  BASIS_SET_FILE_NAME Â /opt/packages/CP2K/cp2k-5.1/<wbr>data/BASIS_MOLOPT</font></div><div><font color="#666666">  Â  POTENTIAL_FILE_NAME Â /opt/packages/CP2K/cp2k-5.1/<wbr>data/POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">  Â  &POISSON</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â PERIODIC XYZ</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END POISSON</font></div><div><font color="#666666">  Â Â </font></div><div><font color="#666666">  Â  &QS</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  EPS_DEFAULT 1.0E-12</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END QS</font></div><div><font color="#666666">  &XC</font></div><div><font color="#666666">  &XC_FUNCTIONAL PBE</font></div><div><font color="#666666">  &END XC_FUNCTIONAL</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  &vdW_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â  Â DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â  Â &PAIR_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â  Â  Â  TYPE DFTD3(BJ)</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â  Â  Â  CALCULATE_C9_TERM .TRUE.</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â  Â  Â  REFERENCE_C9_TERM .TRUE.</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â  Â  Â  LONG_RANGE_CORRECTION .TRUE.</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â  Â  Â  PARAMETER_FILE_NAME ./dftd3.dat</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â  Â  Â  REFERENCE_FUNCTIONAL PBE</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  Â  Â  Â  R_CUTOFF 15</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END PAIR_POTENTIAL </font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  &END vdW_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END XC</font></div><div><font color="#666666">  &SCF</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  SCF_GUESS ATOMIC</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  EPS_SCF 1.0E-6</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â  MAX_SCF 500</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â &OT</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â MINIMIZER CG</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â PRECONDITIONER FULL_ALL</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â ENERGY_GAP 0.001</font></div><div><font color="#666666">  Â  Â &END OT</font></div><div><font color="#666666">  Â  &END SCF</font></div><div><font color="#666666">  &END DFT</font></div><div><font color="#666666">  &END</font></div></div><div><br></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div>