<div dir="ltr">Hi, I have problems in computing normal modes for a structure that I got from NEB calculations. My smallest system has 476 atoms and therefore I cannot perform a full numerical frequency calculations. However, when I use the inout below it seems that CP2K still tries to diagonalize the entire hessian matrix (the job fails after 48hrs; output file is attached). Is my input correct if not could you please provide a sample input file for these calculations?<div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Mohammad</div><div><br></div><div><br></div><div>Below is my input file:</div><div><br></div><div><div><font color="#666666">&GLOBAL</font></div><div><font color="#666666">  PROJECT test</font></div><div><font color="#666666">  RUN_TYPE NORMAL_MODES</font></div><div><font color="#666666">  PRINT_LEVEL MEDIUM</font></div><div><font color="#666666">&END GLOBAL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&VIBRATIONAL_ANALYSIS</font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>NPROC_REP 28</font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>FULLY_PERIODIC TRUE</font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>&MODE_SELECTIVE</font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>ATOMS 450 451 452 446 468 434 445 413 398 99 447 448 449 457 453 454 455 456 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467</font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>LOWEST_FREQUENCY -500</font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>RANGE -500 100</font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>&INVOLVED_ATOMS </font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>INVOLVED_ATOMS 450 451 452 446 468 434 445 413 398 99 447 448 449 457 453 454 455 456 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467</font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>RANGE -500 100</font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>&END INVOLVED_ATOMS</font></div><div><font color="#666666"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>&END MODE_SELECTIVE</font></div><div><font color="#666666">&END VIBRATIONAL_ANALYSIS</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&FORCE_EVAL</font></div><div><font color="#666666">  METHOD Quickstep</font></div><div><font color="#666666">  &SUBSYS</font></div><div><font color="#666666">    &KIND Zr</font></div><div><font color="#666666">      ELEMENT   Zr</font></div><div><font color="#666666">      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</font></div><div><font color="#666666">      POTENTIAL GTH-PBE-q12</font></div><div><font color="#666666">    &END</font></div><div><font color="#666666">    &KIND C</font></div><div><font color="#666666">      ELEMENT C</font></div><div><font color="#666666">      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">      POTENTIAL GTH-PBE-q4</font></div><div><font color="#666666">    &END </font></div><div><font color="#666666">    &KIND O</font></div><div><font color="#666666">      ELEMENT O</font></div><div><font color="#666666">      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">      POTENTIAL GTH-PBE-q6</font></div><div><font color="#666666">    &END </font></div><div><font color="#666666">    &KIND H</font></div><div><font color="#666666">      ELEMENT H</font></div><div><font color="#666666">      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">      POTENTIAL GTH-PBE-q1</font></div><div><font color="#666666">    &END </font></div><div><font color="#666666">    &KIND F</font></div><div><font color="#666666">      ELEMENT F</font></div><div><font color="#666666">      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">      POTENTIAL GTH-PBE-q7</font></div><div><font color="#666666">    &END KIND</font></div><div><font color="#666666">    &KIND P</font></div><div><font color="#666666">      ELEMENT P</font></div><div><font color="#666666">      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH</font></div><div><font color="#666666">      POTENTIAL GTH-PBE-q5</font></div><div><font color="#666666">    &END KIND</font></div><div><font color="#666666">    &CELL</font></div><div><font color="#666666"> A [angstrom]                23.34964320    0.00000000    0.00000000</font></div><div><font color="#666666"> B [angstrom]               -11.67970624   20.19999013    0.00000000</font></div><div><font color="#666666"> C [angstrom]                -0.24143113    0.14997040   51.67634031</font></div><div><font color="#666666">   PERIODIC XYZ</font></div><div><font color="#666666">    &END CELL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">&TOPOLOGY                    ! Section used to center the atomic coordinates in the given box. Useful for big molecules</font></div><div><font color="#666666">&CENTER_COORDINATES</font></div><div><font color="#666666">&END</font></div><div><font color="#666666">COORD_FILE_FORMAT xyz</font></div><div><font color="#666666">COORD_FILE_NAME  ./test.xyz</font></div><div><font color="#666666">&END</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">  &END SUBSYS</font></div><div><font color="#666666">  &DFT</font></div><div><font color="#666666">    BASIS_SET_FILE_NAME  /opt/packages/CP2K/cp2k-5.1/data/BASIS_MOLOPT</font></div><div><font color="#666666">    POTENTIAL_FILE_NAME  /opt/packages/CP2K/cp2k-5.1/data/POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">    &POISSON</font></div><div><font color="#666666">     PERIODIC XYZ</font></div><div><font color="#666666">    &END POISSON</font></div><div><font color="#666666">    </font></div><div><font color="#666666">    &QS</font></div><div><font color="#666666">      EPS_DEFAULT 1.0E-12</font></div><div><font color="#666666">    &END QS</font></div><div><font color="#666666">  &XC</font></div><div><font color="#666666">  &XC_FUNCTIONAL PBE</font></div><div><font color="#666666">  &END XC_FUNCTIONAL</font></div><div><font color="#666666">      &vdW_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">         DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">         &PAIR_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">            TYPE DFTD3(BJ)</font></div><div><font color="#666666">            CALCULATE_C9_TERM .TRUE.</font></div><div><font color="#666666">            REFERENCE_C9_TERM .TRUE.</font></div><div><font color="#666666">            LONG_RANGE_CORRECTION .TRUE.</font></div><div><font color="#666666">            PARAMETER_FILE_NAME ./dftd3.dat</font></div><div><font color="#666666">            REFERENCE_FUNCTIONAL PBE</font></div><div><font color="#666666">            R_CUTOFF 15</font></div><div><font color="#666666">    &END PAIR_POTENTIAL </font></div><div><font color="#666666">      &END vdW_POTENTIAL</font></div><div><font color="#666666">    &END XC</font></div><div><font color="#666666">  &SCF</font></div><div><font color="#666666">      SCF_GUESS ATOMIC</font></div><div><font color="#666666">      EPS_SCF 1.0E-6</font></div><div><font color="#666666">      MAX_SCF 500</font></div><div><font color="#666666">     &OT</font></div><div><font color="#666666">     MINIMIZER CG</font></div><div><font color="#666666">     PRECONDITIONER FULL_ALL</font></div><div><font color="#666666">     ENERGY_GAP 0.001</font></div><div><font color="#666666">     &END OT</font></div><div><font color="#666666">    &END SCF</font></div><div><font color="#666666">  &END DFT</font></div><div><font color="#666666">  &END</font></div></div><div><br></div></div>